220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt41 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PGt41  tRNA-Val  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt40  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0011  tRNA-Val  94.92 
 
 
75 bp  93.7  6e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0061  tRNA-Val  94.74 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.304237  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0060  tRNA-Val  94.74 
 
 
75 bp  89.7  9e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.206205  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0062  tRNA-Val  94.74 
 
 
78 bp  89.7  9e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.296107  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0006  tRNA-Val  97.78 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0091  tRNA-Val  92.98 
 
 
78 bp  81.8  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.830426  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0090  tRNA-Val  92.98 
 
 
75 bp  81.8  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.825054  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0092  tRNA-Val  92.98 
 
 
75 bp  81.8  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.825054  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0059  tRNA-Val  97.67 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0069  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000032502  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0079  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.262586  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0049  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000361087  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0071  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0063  tRNA-Val  90.62 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000708072  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0033  tRNA-Val  91.23 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.929932 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0011  tRNA-Val  90.62 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000197558  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-3  tRNA-Val  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00184226  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1248  tRNA-Val  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.134542  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0046  tRNA-Val  91.67 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.461452  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0030  tRNA-Val  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000010319  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0035  tRNA-Val  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000297756  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0051  tRNA-Val  90.91 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.163425  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0003  tRNA-Val  90.74 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.401069  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0002  tRNA-Val  90.74 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.264825  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  91.38 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tVal01  tRNA-Val  90.74 
 
 
81 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.231904  normal  0.628895 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0053  tRNA-Val  89.09 
 
 
75 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000170226  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-1  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-2  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00946418  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-3  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-4  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Val-5  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0045  tRNA-Ala  92.86 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0074  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0014  tRNA-Val  94.74 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0054  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000682201  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0051  tRNA-Val  94.74 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0556  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2175  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.527459  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2568  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0023  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0226385  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0083  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0172  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0413  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.117487  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0087  tRNA-Val  94.74 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000197296  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t26  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t28  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.199855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t43  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0556993  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0053  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0020  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0102813 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0086  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.211919  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0036  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0084  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.150766  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0035  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.309036  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0018  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0179494 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60430  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  100 
 
 
73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  56  0.000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0069  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0543632  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0038  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0020  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495031  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0061  tRNA-Val  100 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.03181 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0041  tRNA-Ala  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0260276 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0037  tRNA-Ala  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.021593 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0038  tRNA-Ile  100 
 
 
78 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0011  tRNA-Lys  87.93 
 
 
73 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000344573  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0044  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000266715 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0013  tRNA-Ile  100 
 
 
78 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420579  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0039  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000287509  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0041  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000183486  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0045  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0252567  normal  0.0396614 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0042  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000279186  hitchhiker  0.00179895 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 
78 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 
78 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0011  tRNA-Lys  87.93 
 
 
73 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000213973  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2440  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2943  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.24885  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2946  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.411322  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2949  tRNA-Val  88.89 
 
 
76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0023  tRNA-Ile  100 
 
 
75 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00128376  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0013  tRNA-Ile  100 
 
 
78 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0047  tRNA-Ile  100 
 
 
75 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0053557  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0041  tRNA-Ile  100 
 
 
75 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0038  tRNA-Ile  100 
 
 
78 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0080  tRNA-Ile  100 
 
 
75 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.240328  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>