23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0909 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0909  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 65 aa  135  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3451  phage transcriptional regulator, AlpA  57.38 
 
 		 76 aa  81.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2402  prophage CP4-57 regulatory  53.97 
 
 		 86 aa  79.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128248  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1759  phage transcriptional regulator, AlpA  54.39 
 
 		 109 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2371  phage transcriptional regulator, AlpA  53.45 
 
 		 87 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5243  hypothetical protein  50 
 
 		 88 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1869  hypothetical protein  51.61 
 
 		 86 aa  67.4  0.00000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.842496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2424  hypothetical protein  50 
 
 		 87 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0118  hypothetical protein  64.44 
 
 		 56 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0103  hypothetical protein  64.44 
 
 		 56 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  50.98 
 
 		 75 aa  53.5  0.0000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2246  prophage CP4-57 regulatory  40.35 
 
 		 91 aa  49.7  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1562  phage transcriptional regulator, AlpA  42.11 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.544133  normal  0.10217 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  37.93 
 
 		 77 aa  47  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  38.1 
 
 		 79 aa  45.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2566  prophage CP4-57 regulatory  37.5 
 
 		 91 aa  45.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0052  AlpA family protein  35.09 
 
 		 72 aa  43.5  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4074  prophage CP4-57 transcriptional regulator protein, AlpA family  32.2 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  35.71 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1256  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 64 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  34.38 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1968  phage transcriptional regulator, AlpA  37.74 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0901685  normal  0.059551 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  28.57 
 
 		 66 aa  40.4  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>