13 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_A0049 on replicon NC_009704
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009704  YpsIP31758_A0049  conjugal transfer protein TrbD  100 
 
 		 104 aa  215  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.635043  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6504  conjugal transfer protein TrbD  69.9 
 
 		 103 aa  154  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136548  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6633  conjugal transfer protein TrbD  69.9 
 
 		 103 aa  154  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000138876  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4272  conjugal transfer protein TrbD  69.9 
 
 		 103 aa  154  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615182  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2227  conjugal transfer protein TrbD  70.59 
 
 		 106 aa  149  2e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00500311  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  43.53 
 
 		 99 aa  82.4  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5378  conjugal transfer protein TrbD  45.88 
 
 		 98 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.832169  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  44.71 
 
 		 99 aa  80.9  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  43.33 
 
 		 99 aa  76.6  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5484  conjugal transfer protein TrbD  43.02 
 
 		 99 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  40 
 
 		 99 aa  73.2  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1618  Conjugal transfer TrbD family protein  33.33 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  31.82 
 
 		 107 aa  57  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>