220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0034 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0033  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.389622  normal  0.782985 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13480  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0059  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.442507 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0010  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.158733  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0020  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna8  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.222238  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.159115  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0042  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0056  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0019  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000126539  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0012  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26520  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0043  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00767918  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0002  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0018  tRNA-Thr  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.46927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0056  tRNA-Met  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>