44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1968 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  100 
 
 		 150 aa  299  8.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.97 
 
 		 222 aa  110  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  42.55 
 
 		 218 aa  108  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.13 
 
 		 221 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.13 
 
 		 221 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  39.72 
 
 		 223 aa  105  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.13 
 
 		 221 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.13 
 
 		 221 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  40.43 
 
 		 214 aa  100  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.13 
 
 		 218 aa  100  8e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.29 
 
 		 239 aa  99  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.13 
 
 		 222 aa  99.4  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  39.72 
 
 		 220 aa  95.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.59 
 
 		 228 aa  95.1  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  35.51 
 
 		 230 aa  90.5  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.72 
 
 		 214 aa  88.2  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.14 
 
 		 220 aa  87  8e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.8 
 
 		 220 aa  82.8  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.71 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  35.76 
 
 		 223 aa  80.1  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.29 
 
 		 235 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.39 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  35.77 
 
 		 219 aa  74.7  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.59 
 
 		 224 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.02 
 
 		 222 aa  70.9  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.36 
 
 		 244 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.36 
 
 		 222 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.79 
 
 		 236 aa  66.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.48 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.5 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.63 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  36 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.63 
 
 		 222 aa  60.8  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.36 
 
 		 241 aa  59.7  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  32.8 
 
 		 230 aa  59.3  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.54 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  39.08 
 
 		 192 aa  56.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  29.84 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  32.23 
 
 		 225 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  30.47 
 
 		 243 aa  53.5  0.000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.67 
 
 		 117 aa  48.9  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.33 
 
 		 117 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>