More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0060 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2680  asparagine synthase amidotransferase  56.51 
 
 
590 aa  649    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0122276  normal  0.763005 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0060  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  100 
 
 
588 aa  1196    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.58042 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4494  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  66.72 
 
 
610 aa  751    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.210127  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0595  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  60.33 
 
 
602 aa  709    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.957745  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1756  asparagine synthase family amidotransferase  66.55 
 
 
594 aa  773    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262754 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2461  Asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  68.81 
 
 
593 aa  812    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.828988  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3652  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  64.14 
 
 
595 aa  750    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0742  asparagine synthase family amidotransferase  60.54 
 
 
592 aa  704    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0114  asparagine synthase family amidotransferase  54.5 
 
 
592 aa  637    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2469  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  55.57 
 
 
591 aa  634  1e-180  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0142  asparagine synthase family amidotransferase  55.84 
 
 
590 aa  631  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0588532  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3531  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  54.59 
 
 
596 aa  615  1e-175  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0213452  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3766  asparagine synthase family amidotransferase  54.45 
 
 
599 aa  612  9.999999999999999e-175  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3188  asparagine synthase amidotransferase  55.41 
 
 
589 aa  613  9.999999999999999e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.227192  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7206  putative asparagine synthetase (glutamine-hydrolyzing)  55.42 
 
 
569 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1989  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  54.39 
 
 
591 aa  609  1e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34960  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  54.33 
 
 
589 aa  605  9.999999999999999e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2962  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.04 
 
 
600 aa  607  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.471232  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0816  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.47 
 
 
590 aa  606  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816546  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3642  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.21 
 
 
591 aa  605  9.999999999999999e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3398  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.38 
 
 
594 aa  603  1.0000000000000001e-171  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108074  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4868  asparagine synthase amidotransferase  53.64 
 
 
589 aa  598  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307974  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3747  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  51.78 
 
 
590 aa  598  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0137323 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2293  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.85 
 
 
593 aa  595  1e-169  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00195658  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1300  asparagine synthase amidotransferase  53.95 
 
 
595 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5410  asparagine synthase family amidotransferase  53.81 
 
 
589 aa  597  1e-169  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360924  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1633  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  51.27 
 
 
590 aa  595  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4100  asparagine synthase (glutamine-hydrolysing)  51.61 
 
 
590 aa  593  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5018  asparagine synthase family amidotransferase  52.53 
 
 
593 aa  593  1e-168  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197798  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0860  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  54.56 
 
 
594 aa  593  1e-168  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0424562 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5353  asparagine synthase family amidotransferase  53.13 
 
 
589 aa  594  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2910  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  53.77 
 
 
594 aa  591  1e-167  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0917  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  54.05 
 
 
594 aa  587  1e-166  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.228251 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1750  asparagine synthetase  53.2 
 
 
595 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0957205  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1342  asparagine synthase amidotransferase  53.2 
 
 
595 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371916  normal  0.923546 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3964  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.2 
 
 
595 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.414023  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1668  asparagine synthase  52.62 
 
 
589 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169203  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2276  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.35 
 
 
601 aa  581  1e-164  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.315443  normal  0.812891 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2101  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.52 
 
 
601 aa  581  1e-164  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.994358  normal  0.105785 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2055  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  52.52 
 
 
601 aa  581  1e-164  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.559869  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0216  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  51.17 
 
 
598 aa  582  1e-164  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2038  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.52 
 
 
601 aa  581  1e-164  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0408411 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19370  putative asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  52.45 
 
 
589 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.826487  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4066  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  51.85 
 
 
601 aa  572  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2955  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  51.36 
 
 
589 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0385583 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5099  asparagine synthase family amidotransferase  51.01 
 
 
594 aa  567  1e-160  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2541  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.04 
 
 
621 aa  567  1e-160  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.800468  normal  0.489677 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3771  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  48.9 
 
 
598 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.452374  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2728  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.61 
 
 
593 aa  558  1e-157  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3038  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  49.4 
 
 
590 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1975  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  35.52 
 
 
643 aa  298  3e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3874  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.8 
 
 
632 aa  297  4e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0058  asparagine synthase (glutamine-hydrolysing)  32.13 
 
 
629 aa  297  4e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0131712 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2515  exosortase 1 system-associated amidotransferase 1  35.69 
 
 
643 aa  295  1e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0685531 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4592  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.62 
 
 
645 aa  293  9e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.65001  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2776  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.29 
 
 
632 aa  290  3e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000288023  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0138  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.5 
 
 
631 aa  290  4e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0809158  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1119  asparagine synthetase B, glutamine-hydrolyzing  31.39 
 
 
632 aa  290  6e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6500  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.17 
 
 
638 aa  290  6e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3091  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  32.75 
 
 
633 aa  289  1e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000126358  unclonable  6.2854299999999995e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2233  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  32.75 
 
 
633 aa  288  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000376097  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2095  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  32.75 
 
 
633 aa  288  2e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000747097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2035  asparagine synthase  32.75 
 
 
633 aa  288  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000174005  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0896  asparagine synthetase [glutamine-hydrolyzing]  31.23 
 
 
632 aa  288  2e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2033  asparagine synthase  32.75 
 
 
633 aa  288  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000200713  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5791  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.55 
 
 
627 aa  288  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2276  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  32.75 
 
 
633 aa  288  2e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.55004e-60 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2251  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  32.75 
 
 
633 aa  288  2e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000160892  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2361  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  32.75 
 
 
633 aa  288  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0596  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.12 
 
 
630 aa  287  2.9999999999999996e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.496503 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2074  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.59 
 
 
633 aa  287  4e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000133092  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0346  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.2 
 
 
610 aa  287  4e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1512  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.67 
 
 
637 aa  284  3.0000000000000004e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.386079  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0959  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.65 
 
 
635 aa  283  6.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1389  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.12 
 
 
625 aa  283  6.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2408  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.9 
 
 
635 aa  283  8.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2055  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.87 
 
 
646 aa  283  8.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2280  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  33.33 
 
 
605 aa  282  1e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000628708  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0671  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.88 
 
 
619 aa  281  2e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.403127  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1652  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.12 
 
 
633 aa  281  2e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000197095  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2388  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.89 
 
 
627 aa  281  3e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37560  asparagine synthetase, glutamine-hydrolysing  38.29 
 
 
610 aa  281  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.761947  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2057  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  36.74 
 
 
603 aa  280  7e-74  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.825399  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3710  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.16 
 
 
629 aa  279  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.411872  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2360  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  37.08 
 
 
619 aa  277  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0446354  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1194  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.97 
 
 
634 aa  278  3e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1580  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  30.12 
 
 
634 aa  277  4e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3584  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  30.84 
 
 
628 aa  276  7e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0292  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.96 
 
 
639 aa  276  9e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.216365  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1694  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.23 
 
 
635 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0665  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  29.76 
 
 
623 aa  276  1.0000000000000001e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0824019  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1778  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.15 
 
 
629 aa  273  6e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01303  Asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  30.46 
 
 
632 aa  273  9e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0712  putative asparagine synthetase  31.92 
 
 
626 aa  272  1e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0905  asparagine synthetase family protein  31.73 
 
 
637 aa  271  2e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4478  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.33 
 
 
666 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.48246  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0669  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  32.4 
 
 
641 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0200  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  28.51 
 
 
655 aa  270  7e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1110  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.73 
 
 
637 aa  269  8e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3272  exosortase 1 system-associated amidotransferase 1  33.65 
 
 
642 aa  269  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>