More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3038 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2680  asparagine synthase amidotransferase  54.24 
 
 
590 aa  640    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0122276  normal  0.763005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5353  asparagine synthase family amidotransferase  55.18 
 
 
589 aa  657    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0114  asparagine synthase family amidotransferase  59.01 
 
 
592 aa  699    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3038  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  100 
 
 
590 aa  1221    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5410  asparagine synthase family amidotransferase  55.52 
 
 
589 aa  658    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360924  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3188  asparagine synthase amidotransferase  55.35 
 
 
589 aa  653    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.227192  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4868  asparagine synthase amidotransferase  55.18 
 
 
589 aa  657    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307974  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3771  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  75.73 
 
 
598 aa  935    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.452374  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0816  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  54.58 
 
 
590 aa  632  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.816546  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0142  asparagine synthase family amidotransferase  54.24 
 
 
590 aa  634  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0588532  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1300  asparagine synthase amidotransferase  55.48 
 
 
595 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0216  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  55.83 
 
 
598 aa  628  1e-179  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3531  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  54.15 
 
 
596 aa  627  1e-178  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0213452  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7206  putative asparagine synthetase (glutamine-hydrolyzing)  53.78 
 
 
569 aa  624  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1342  asparagine synthase amidotransferase  54.13 
 
 
595 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371916  normal  0.923546 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2276  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.69 
 
 
601 aa  622  1e-177  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.315443  normal  0.812891 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2962  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.98 
 
 
600 aa  624  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.471232  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3964  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  54.47 
 
 
595 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.414023  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4066  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.54 
 
 
601 aa  617  1e-175  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5018  asparagine synthase family amidotransferase  54.15 
 
 
593 aa  617  1e-175  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197798  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2469  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.95 
 
 
591 aa  615  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1750  asparagine synthetase  53.96 
 
 
595 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0957205  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2101  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.35 
 
 
601 aa  613  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.994358  normal  0.105785 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2910  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  53.55 
 
 
594 aa  614  9.999999999999999e-175  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2055  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  52.35 
 
 
601 aa  613  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.559869  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2038  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.35 
 
 
601 aa  613  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0408411 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4100  asparagine synthase (glutamine-hydrolysing)  53.23 
 
 
590 aa  608  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3642  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.82 
 
 
591 aa  610  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1989  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  54.21 
 
 
591 aa  611  1e-173  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2293  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  53.13 
 
 
593 aa  610  1e-173  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00195658  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1633  asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  53.57 
 
 
590 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3747  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  53.74 
 
 
590 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0137323 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0917  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.87 
 
 
594 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.228251 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0860  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.7 
 
 
594 aa  601  1e-170  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0424562 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2461  Asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  51.1 
 
 
593 aa  599  1e-170  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.828988  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2955  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.3 
 
 
589 aa  596  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0385583 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3766  asparagine synthase family amidotransferase  52.2 
 
 
599 aa  592  1e-168  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34960  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  52.71 
 
 
589 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5099  asparagine synthase family amidotransferase  50.84 
 
 
594 aa  582  1.0000000000000001e-165  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19370  putative asparagine synthetase, glutamine-hydrolyzing  52.47 
 
 
589 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.826487  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1668  asparagine synthase  52.81 
 
 
589 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169203  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3398  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  51.35 
 
 
594 aa  576  1.0000000000000001e-163  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.108074  normal  0.978255 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1756  asparagine synthase family amidotransferase  48.82 
 
 
594 aa  571  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262754 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0595  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  50.75 
 
 
602 aa  571  1e-161  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.957745  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3652  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  50.84 
 
 
595 aa  566  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0060  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  49.75 
 
 
588 aa  555  1e-157  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.157876  normal  0.58042 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0742  asparagine synthase family amidotransferase  49.58 
 
 
592 aa  558  1e-157  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4494  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  50.43 
 
 
610 aa  553  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.210127  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2541  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  48.22 
 
 
621 aa  521  1e-146  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.800468  normal  0.489677 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2728  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  48.22 
 
 
593 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4039  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.64 
 
 
633 aa  327  4.0000000000000003e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.354675  normal  0.528504 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0671  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  35.63 
 
 
619 aa  320  3e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.403127  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0292  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.28 
 
 
639 aa  320  6e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.216365  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1119  asparagine synthetase B, glutamine-hydrolyzing  32.37 
 
 
632 aa  317  5e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4005  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.81 
 
 
622 aa  315  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0896  asparagine synthetase [glutamine-hydrolyzing]  32.05 
 
 
632 aa  314  2.9999999999999996e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0058  asparagine synthase (glutamine-hydrolysing)  32.81 
 
 
629 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0131712 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1389  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.24 
 
 
625 aa  309  6.999999999999999e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2327  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.75 
 
 
629 aa  309  1.0000000000000001e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.752356  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2408  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.33 
 
 
635 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2055  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.46 
 
 
646 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3584  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.18 
 
 
628 aa  305  1.0000000000000001e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1919  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.39 
 
 
631 aa  305  1.0000000000000001e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0346  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.03 
 
 
610 aa  303  6.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2057  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.33 
 
 
603 aa  302  9e-81  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.825399  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1580  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  30.46 
 
 
634 aa  302  1e-80  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11980  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  32.57 
 
 
649 aa  302  1e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.658522  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0959  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.8 
 
 
635 aa  299  8e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1194  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.75 
 
 
634 aa  297  4e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0905  asparagine synthetase family protein  31.11 
 
 
637 aa  297  4e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2519  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  32.5 
 
 
647 aa  296  7e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.828783  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3710  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.86 
 
 
633 aa  295  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0641496  normal  0.029694 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0669  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  32.19 
 
 
641 aa  295  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1053  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.9 
 
 
649 aa  294  2e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000122454  hitchhiker  0.00273706 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1110  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  30.96 
 
 
637 aa  294  3e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0665  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  30.61 
 
 
623 aa  294  3e-78  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0824019  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0138  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.23 
 
 
631 aa  292  1e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0809158  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6500  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.55 
 
 
638 aa  290  6e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1636  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.04 
 
 
643 aa  289  8e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.236988  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3710  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.16 
 
 
629 aa  289  1e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.411872  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5791  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.18 
 
 
627 aa  289  1e-76  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01303  Asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  31.29 
 
 
632 aa  287  4e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3272  exosortase 1 system-associated amidotransferase 1  31.4 
 
 
642 aa  286  5.999999999999999e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2388  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.84 
 
 
627 aa  286  8e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3988  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  31.73 
 
 
656 aa  285  2.0000000000000002e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0712  putative asparagine synthetase  32.7 
 
 
626 aa  285  2.0000000000000002e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2466  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  34.15 
 
 
625 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0461  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.27 
 
 
613 aa  283  6.000000000000001e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4592  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.45 
 
 
645 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.65001  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2074  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  30.41 
 
 
633 aa  282  1e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000133092  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0596  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.49 
 
 
630 aa  282  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.496503 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2469  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.33 
 
 
629 aa  280  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2515  exosortase 1 system-associated amidotransferase 1  30.87 
 
 
643 aa  280  5e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0685531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3403  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  33.33 
 
 
624 aa  279  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.732095 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1512  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  31.35 
 
 
637 aa  279  1e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.386079  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0536  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  29.79 
 
 
662 aa  278  2e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1299  asparagine synthase, glutamine-hydrolyzing  33.61 
 
 
613 aa  278  2e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00294849  normal  0.177591 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2360  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  35.39 
 
 
619 aa  277  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0446354  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1778  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  32.8 
 
 
629 aa  277  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0508  asparagine synthase (glutamine-hydrolyzing)  28.93 
 
 
626 aa  276  6e-73  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>