176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0485 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0485  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
143 aa  296  4e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.231758  normal  0.0484471 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1778  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  42.02 
 
 
140 aa  98.2  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1053  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.19 
 
 
140 aa  94  7e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.48 
 
 
144 aa  90.1  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.77 
 
 
141 aa  88.6  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.77 
 
 
151 aa  87.8  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.96 
 
 
141 aa  87.8  4e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3641  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.76 
 
 
135 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.051183  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.82 
 
 
143 aa  85.5  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3882  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.98 
 
 
135 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  36.89 
 
 
145 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.47 
 
 
123 aa  82  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.89 
 
 
145 aa  82  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.34 
 
 
145 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4314  hypothetical protein  36.67 
 
 
162 aa  82  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.25 
 
 
153 aa  80.9  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2517  hypothetical protein  34.11 
 
 
138 aa  80.5  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570745  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2523  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.5 
 
 
143 aa  80.9  0.000000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.5 
 
 
137 aa  80.5  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1553  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.44 
 
 
135 aa  80.5  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2618  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.81 
 
 
138 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1172  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.34 
 
 
144 aa  79.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0736  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.21 
 
 
139 aa  78.6  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  38.14 
 
 
131 aa  77.8  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0590  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.58 
 
 
141 aa  76.6  0.00000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3196  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.672281 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.29 
 
 
134 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.947036  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2421  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.35 
 
 
146 aa  75.1  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4363  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.29 
 
 
134 aa  74.7  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0942  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.48 
 
 
144 aa  74.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.583327  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  37.61 
 
 
132 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.13 
 
 
132 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  36.75 
 
 
140 aa  67.4  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43799  predicted protein  31.03 
 
 
149 aa  65.5  0.0000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0603  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.62 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.791565 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  38.3 
 
 
134 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0250  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.45 
 
 
152 aa  62.8  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.64 
 
 
162 aa  62  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  36.44 
 
 
126 aa  62.4  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.71 
 
 
136 aa  60.5  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.5 
 
 
136 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.71 
 
 
136 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  35.35 
 
 
135 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.8 
 
 
136 aa  58.5  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0861  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.87 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1503  hypothetical protein  35.42 
 
 
112 aa  56.6  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  29.92 
 
 
136 aa  55.1  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.05 
 
 
136 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
149 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.58 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.96 
 
 
152 aa  55.1  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  35.87 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  30.4 
 
 
131 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.99 
 
 
162 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.05 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.89 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1751  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.52 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591601  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.29 
 
 
166 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1588  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.52 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1769  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.52 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.868913  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1690  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.52 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165527  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.73 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1688  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.52 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.82122 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  35.37 
 
 
133 aa  52.4  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2198  hypothetical protein  32.56 
 
 
147 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.328863  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1392  hypothetical protein  36.36 
 
 
135 aa  51.6  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0873  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.88 
 
 
147 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.287147  normal  0.415185 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1181  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.69 
 
 
158 aa  51.6  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.128297  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.15 
 
 
161 aa  51.2  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29150  hypothetical protein  32.23 
 
 
131 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.08 
 
 
146 aa  51.2  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.25 
 
 
136 aa  50.8  0.000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.31 
 
 
128 aa  50.4  0.000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2665  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.64 
 
 
147 aa  50.4  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3057  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.31 
 
 
144 aa  50.4  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2062  hypothetical protein  35.06 
 
 
135 aa  50.1  0.000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3234  hypothetical protein  35.06 
 
 
135 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0849  hypothetical protein  35.06 
 
 
135 aa  50.1  0.000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2681  hypothetical protein  35.06 
 
 
135 aa  50.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3181  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.06 
 
 
135 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3220  hypothetical protein  35.06 
 
 
135 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.275931  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1928  hypothetical protein  35.06 
 
 
135 aa  50.1  0.000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.67 
 
 
135 aa  50.4  0.000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
166 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1034  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.29 
 
 
158 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115703  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.26 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07594  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G15290)  35.71 
 
 
136 aa  48.5  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.651423 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2755  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  24.81 
 
 
147 aa  48.5  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.811781  normal  0.919097 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.29 
 
 
137 aa  48.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4439  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.49 
 
 
132 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.87 
 
 
162 aa  47.4  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  32.1 
 
 
137 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.93 
 
 
137 aa  47.8  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.1 
 
 
137 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1483  hypothetical protein  29.9 
 
 
162 aa  47.4  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.398107  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0606  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.33 
 
 
148 aa  47.4  0.00007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.67 
 
 
133 aa  47.4  0.00007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.11 
 
 
154 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.14 
 
 
138 aa  47  0.00009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.03 
 
 
154 aa  46.2  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>