86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1535 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1535  tRNA--hydroxylase  100 
 
 		 258 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.706761  normal  0.0428369 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3119  tRNA--hydroxylase  80.88 
 
 		 254 aa  421  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.104699  decreased coverage  0.000000292198 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2687  tRNA--hydroxylase  69.53 
 
 		 260 aa  372  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000622771  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2514  tRNA--hydroxylase  69.96 
 
 		 256 aa  370  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000610291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1484  tRNA--hydroxylase  66.01 
 
 		 269 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.069661  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1218  tRNA-hydroxylase  65.61 
 
 		 256 aa  345  5e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0353203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1587  tRNA--hydroxylase  64.03 
 
 		 256 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000327106  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1621  tRNA--hydroxylase  64.03 
 
 		 256 aa  342  2e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00164338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2756  tRNA-hydroxylase  64.03 
 
 		 256 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00188703  normal  0.0609241 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1598  tRNA--hydroxylase  63.64 
 
 		 256 aa  340  2e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00695682  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2569  tRNA hydroxylase  63.28 
 
 		 256 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0478481  normal  0.0245965 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2501  tRNA--hydroxylase  63.28 
 
 		 256 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000283647  hitchhiker  0.00985361 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1788  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  63.64 
 
 		 261 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2667  tRNA hydroxylase  62.89 
 
 		 256 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0124077  normal  0.130921 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2203  tRNA--hydroxylase  58.58 
 
 		 269 aa  317  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003885  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  59.29 
 
 		 256 aa  306  3e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01791  tRNA-hydroxylase  59.22 
 
 		 278 aa  305  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0556  tRNA--hydroxylase  60 
 
 		 254 aa  304  1.0000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2611  tRNA hydroxylase  56.35 
 
 		 253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.954877  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3795  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  57.98 
 
 		 258 aa  296  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1614  tRNA-hydroxylase  57.09 
 
 		 250 aa  290  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1500  tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  59.29 
 
 		 258 aa  288  7e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000036268  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3042  tRNA-hydroxylase  56.37 
 
 		 256 aa  284  9e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3082  tRNA-hydroxylase  55.16 
 
 		 253 aa  280  2e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.156814 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2602  tRNA hydroxylase  63.85 
 
 		 222 aa  278  5e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0461  tRNA--hydroxylase  55.43 
 
 		 252 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0309456 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4819  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  55.12 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4875  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  55.12 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.570354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4726  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  54.72 
 
 		 270 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.368131 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4756  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  54.3 
 
 		 270 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1016  tRNA-hydroxylase  55.38 
 
 		 252 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.736956  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4855  tRNA-(ms[2]io[6]A)-hydroxylase  54.72 
 
 		 270 aa  265  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01962  tRNA-(MS 2)O6-A-hydroxylase  52.36 
 
 		 260 aa  263  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0617896  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1895  tRNA--hydroxylase  45.12 
 
 		 210 aa  192  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00599331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2099  tRNA--hydroxylase  42.45 
 
 		 203 aa  191  7e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0363493 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1858  tRNA--hydroxylase  43.36 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.135416  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3750  hypothetical protein  43.32 
 
 		 207 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.792988  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1728  tRNA--hydroxylase  43.2 
 
 		 203 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3513  hypothetical protein  41.8 
 
 		 203 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197013  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41430  hypothetical protein  41.8 
 
 		 207 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3392  tRNA--hydroxylase  41.57 
 
 		 202 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2056  tRNA--hydroxylase  42.17 
 
 		 208 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.27428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3431  tRNA--hydroxylase  42.11 
 
 		 223 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.317498  normal  0.736465 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3549  tRNA--hydroxylase  40.48 
 
 		 205 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1812  tRNA--hydroxylase  40.48 
 
 		 205 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.968174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1644  tRNA-(ms(2)io(6)a)-hydroxylase  42 
 
 		 261 aa  176  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.357783  hitchhiker  0.000128554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2188  tRNA--hydroxylase  40.08 
 
 		 205 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1879  tRNA--hydroxylase  40.17 
 
 		 193 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.794766  hitchhiker  0.000682871 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2575  tRNA--hydroxylase  37.7 
 
 		 225 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.424406  hitchhiker  0.000793114 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1673  tRNA--hydroxylase  36.2 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000621342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23490  tRNA-hydroxylase  54.68 
 
 		 139 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1507  hypothetical protein  35.06 
 
 		 207 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1476  hypothetical protein  34.66 
 
 		 207 aa  129  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0914  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  28.93 
 
 		 203 aa  108  6e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.377795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4260  tRNA-hydroxylase  28.93 
 
 		 211 aa  97.4  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0773344 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2373  tRNA-hydroxylase  37.04 
 
 		 198 aa  93.6  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.625301 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0979  tRNA--hydroxylase  28.97 
 
 		 199 aa  93.6  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000176694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2187  tRNA-hydroxylase  29.75 
 
 		 198 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2249  tRNA-hydroxylase  29.75 
 
 		 198 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0867357  normal  0.290074 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4943  tRNA--hydroxylase  28.93 
 
 		 199 aa  92.4  6e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0364884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0321  tRNA--hydroxylase  28.76 
 
 		 187 aa  89.4  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.384703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3991  tRNA-hydroxylase  28.51 
 
 		 199 aa  87.4  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0861094 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03841  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  29.96 
 
 		 204 aa  86.7  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.815882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04391  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  28.45 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1657  tRNA-hydroxylase  36.69 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21611  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  28.1 
 
 		 204 aa  83.6  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0759407 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09818  tRNA (ms[2]io[6]A)-hydroxylase  27.57 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04081  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  27.59 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1832  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  28.05 
 
 		 217 aa  78.6  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.26126  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1722  hydroxylase for synthesis of 2-methylthio-cis-ribozeatin in tRNA  27.69 
 
 		 204 aa  77.4  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04501  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  27.71 
 
 		 202 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04391  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase-like protein  27.63 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0497236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0627  hydroxylase for synthesis of 2-methylthio-cis-ribozeatin in tRNA  31.15 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1549  tRNA--hydroxylase  35.82 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0333212  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0384  putative tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase  26.72 
 
 		 202 aa  74.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0503  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  28.19 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0220492  normal  0.0283636 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2626  tRNA-(ms(2)io(6)A)-hydroxylase  25.75 
 
 		 190 aa  72  0.000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.492116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4209  tRNA-hydroxylase  33.8 
 
 		 195 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3409  tRNA--hydroxylase  32.12 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.483494  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11898  putative hydroxylase  25.21 
 
 		 193 aa  68.2  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.529665  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2613  putative tRNA-(MSA)-hydroxylase  64.29 
 
 		 51 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2997  tRNA-hydroxylase  36.61 
 
 		 198 aa  65.9  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000104829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0318  tRNA-hydroxylase  33.33 
 
 		 197 aa  65.5  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0307  tRNA-hydroxylase  33.33 
 
 		 197 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.804658  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0296  tRNA-(MS(2)IO(6)A)-hydroxylase-like  34.86 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00711968  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1658  putative tRNA-(MS[2]IO[6]A)-hydroxylase  27.07 
 
 		 190 aa  52.8  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.259812  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>