17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5391 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5391  conjugal transfer protein TraB  100 
 
 		 387 aa  758    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970188  normal  0.166771 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5512  conjugal transfer protein TraB  64.34 
 
 		 384 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.569309  normal  0.0492499 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9192  conjugal transfer protein TraB  56.08 
 
 		 403 aa  437  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7066  conjugal transfer protein TraB  57.94 
 
 		 361 aa  413  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4542  conjugal transfer protein TraB  55.19 
 
 		 378 aa  381  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.325638  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9597  conjugal transfer protein TraB  52.43 
 
 		 380 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1610  TraB family protein  35.96 
 
 		 397 aa  176  7e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2806  TraB family protein  33.61 
 
 		 405 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1421  conjugal transfer protein TraB  30.13 
 
 		 436 aa  126  6e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1731  conjugal transfer protein TraB  31.03 
 
 		 446 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5410  conjugal transfer protein TraB  28.2 
 
 		 417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5005  conjugal transfer protein TraB  29.24 
 
 		 417 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.441858  normal  0.356102 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0279  conjugal transfer protein TraB  28.29 
 
 		 452 aa  113  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5093  conjugal transfer protein TraB  29.41 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.685787 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4489  conjugal transfer protein TraB  27.07 
 
 		 403 aa  71.6  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5052  conjugal transfer protein TraB  24 
 
 		 421 aa  59.7  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.195661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0069  apolipoprotein N-acyltransferase  24.84 
 
 		 387 aa  43.9  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>