35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5093 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_5093  conjugal transfer protein TraB  100 
 
 		 415 aa  841    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.685787 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5052  conjugal transfer protein TraB  30.62 
 
 		 421 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.195661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4542  conjugal transfer protein TraB  31.07 
 
 		 378 aa  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.325638  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9597  conjugal transfer protein TraB  28.39 
 
 		 380 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5512  conjugal transfer protein TraB  29.01 
 
 		 384 aa  99.8  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.569309  normal  0.0492499 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9192  conjugal transfer protein TraB  27.5 
 
 		 403 aa  96.7  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5391  conjugal transfer protein TraB  26.62 
 
 		 387 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970188  normal  0.166771 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1610  TraB family protein  27.97 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7066  conjugal transfer protein TraB  26.22 
 
 		 361 aa  82.4  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5005  conjugal transfer protein TraB  26.85 
 
 		 417 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.441858  normal  0.356102 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5410  conjugal transfer protein TraB  26.39 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2806  TraB family protein  25.81 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1731  conjugal transfer protein TraB  23.44 
 
 		 446 aa  68.2  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1421  conjugal transfer protein TraB  22.97 
 
 		 436 aa  66.2  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4489  conjugal transfer protein TraB  23.67 
 
 		 403 aa  63.2  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0279  conjugal transfer protein TraB  22.32 
 
 		 452 aa  61.2  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0478  apolipoprotein N-acyltransferase  24.62 
 
 		 396 aa  52.4  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2859  apolipoprotein N-acyltransferase  25 
 
 		 518 aa  50.4  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1177  apolipoprotein N-acyltransferase  25 
 
 		 518 aa  49.7  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1004  apolipoprotein N-acyltransferase  25.57 
 
 		 516 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.13359 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0709  apolipoprotein N-acyltransferase  23.64 
 
 		 520 aa  48.5  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.309882  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1065  apolipoprotein N-acyltransferase  25.57 
 
 		 519 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1000  apolipoprotein N-acyltransferase  25.35 
 
 		 516 aa  47.4  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.671685  normal  0.0816035 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3443  apolipoprotein N-acyltransferase  23.85 
 
 		 524 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000768498 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3307  apolipoprotein N-acyltransferase  22.69 
 
 		 524 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3265  apolipoprotein N-acyltransferase  23.85 
 
 		 524 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1102  apolipoprotein N-acyltransferase  22.69 
 
 		 524 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000149878 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3700  apolipoprotein N-acyltransferase  24.71 
 
 		 515 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.582606  hitchhiker  0.0000254581 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3141  apolipoprotein N-acyltransferase  23.53 
 
 		 511 aa  45.4  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218924  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0480  apolipoprotein N-acyltransferase  25.12 
 
 		 505 aa  45.4  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0772251  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2579  apolipoprotein N-acyltransferase  22.95 
 
 		 511 aa  45.1  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.170018 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1236  apolipoprotein N-acyltransferase  24.04 
 
 		 506 aa  45.1  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02234  apolipoprotein N-acyltransferase  22.12 
 
 		 504 aa  44.3  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.21676  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15980  apolipoprotein N-acyltransferase  28.26 
 
 		 546 aa  43.5  0.007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.280752  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004215  apolipoprotein N-acyltransferase/copper homeostasis protein CutE  23.15 
 
 		 492 aa  43.1  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>