63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_5005 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010683  Rpic_5005  conjugal transfer protein TraB  100 
 
 		 417 aa  817    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.441858  normal  0.356102 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5410  conjugal transfer protein TraB  98.8 
 
 		 417 aa  806    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9597  conjugal transfer protein TraB  32.38 
 
 		 380 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7066  conjugal transfer protein TraB  30.37 
 
 		 361 aa  149  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4542  conjugal transfer protein TraB  32.65 
 
 		 378 aa  143  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.325638  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5512  conjugal transfer protein TraB  30.1 
 
 		 384 aa  123  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.569309  normal  0.0492499 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5391  conjugal transfer protein TraB  29.24 
 
 		 387 aa  121  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970188  normal  0.166771 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9192  conjugal transfer protein TraB  28.46 
 
 		 403 aa  120  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1610  TraB family protein  31.44 
 
 		 397 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1731  conjugal transfer protein TraB  29.51 
 
 		 446 aa  100  5e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0279  conjugal transfer protein TraB  28.75 
 
 		 452 aa  98.2  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1421  conjugal transfer protein TraB  28.71 
 
 		 436 aa  98.2  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2806  TraB family protein  28.28 
 
 		 405 aa  91.3  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4489  conjugal transfer protein TraB  24.88 
 
 		 403 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5093  conjugal transfer protein TraB  27.06 
 
 		 415 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.685787 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4666  apolipoprotein N-acyltransferase  28.37 
 
 		 505 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.372109  normal  0.737188 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5052  conjugal transfer protein TraB  23.76 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.195661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4790  apolipoprotein N-acyltransferase  27.08 
 
 		 505 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.295792 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4844  apolipoprotein N-acyltransferase  25.95 
 
 		 505 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.552658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1193  apolipoprotein N-acyltransferase  25.26 
 
 		 509 aa  57.4  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4954  apolipoprotein N-acyltransferase  25.43 
 
 		 507 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121084 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4349  apolipoprotein N-acyltransferase  25.96 
 
 		 506 aa  57  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.37536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0630  apolipoprotein N-acyltransferase  29.61 
 
 		 505 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.112466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3138  apolipoprotein N-acyltransferase  24.56 
 
 		 509 aa  55.1  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2952  apolipoprotein N-acyltransferase  30.19 
 
 		 509 aa  53.9  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2742  apolipoprotein N-acyltransferase  23.57 
 
 		 514 aa  53.1  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.447637  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2913  apolipoprotein N-acyltransferase  29.63 
 
 		 505 aa  52.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1455  apolipoprotein N-acyltransferase  26.72 
 
 		 504 aa  53.1  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0063424  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3307  apolipoprotein N-acyltransferase  28.22 
 
 		 524 aa  51.6  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1215  apolipoprotein N-acyltransferase  25.96 
 
 		 509 aa  52.4  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.814042  normal  0.510478 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1065  apolipoprotein N-acyltransferase  27.59 
 
 		 519 aa  51.6  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1004  apolipoprotein N-acyltransferase  27.59 
 
 		 516 aa  51.2  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.13359 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3265  apolipoprotein N-acyltransferase  28.22 
 
 		 524 aa  51.6  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1102  apolipoprotein N-acyltransferase  27.72 
 
 		 524 aa  51.2  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000149878 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1000  apolipoprotein N-acyltransferase  27.59 
 
 		 516 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.671685  normal  0.0816035 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3443  apolipoprotein N-acyltransferase  27.72 
 
 		 524 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000768498 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4808  apolipoprotein N-acyltransferase  25.26 
 
 		 506 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2859  apolipoprotein N-acyltransferase  28.22 
 
 		 518 aa  50.4  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1104  apolipoprotein N-acyltransferase  30.43 
 
 		 511 aa  49.7  0.00009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1177  apolipoprotein N-acyltransferase  27.59 
 
 		 518 aa  49.7  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2584  apolipoprotein N-acyltransferase  27.27 
 
 		 520 aa  49.3  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.111585 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1976  apolipoprotein N-acyltransferase  24.26 
 
 		 524 aa  48.5  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0457399 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1834  apolipoprotein N-acyltransferase  28.65 
 
 		 515 aa  47.4  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3141  apolipoprotein N-acyltransferase  31.06 
 
 		 511 aa  47.4  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.218924  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3009  apolipoprotein N-acyltransferase  28.65 
 
 		 515 aa  47.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.333345  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1403  apolipoprotein N-acyltransferase  23.79 
 
 		 479 aa  47.4  0.0005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.896977  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2919  apolipoprotein N-acyltransferase  28.65 
 
 		 515 aa  47.4  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.476447  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2927  apolipoprotein N-acyltransferase  29.63 
 
 		 537 aa  47  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.974187  decreased coverage  0.00828182 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2276  apolipoprotein N-acyltransferase  24.26 
 
 		 524 aa  46.2  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00039204 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0527  apolipoprotein N-acyltransferase  26.67 
 
 		 523 aa  45.8  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.776126  normal  0.0299872 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2380  apolipoprotein N-acyltransferase  28.03 
 
 		 532 aa  45.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000838838  hitchhiker  0.0000262387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1272  apolipoprotein N-acyltransferase  26.32 
 
 		 550 aa  44.3  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3475  apolipoprotein N-acyltransferase  33.59 
 
 		 519 aa  44.3  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3783  apolipoprotein N-acyltransferase  27.22 
 
 		 507 aa  44.3  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.299433 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1302  hypothetical protein  21.2 
 
 		 511 aa  43.9  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1124  apolipoprotein N-acyltransferase  25.56 
 
 		 511 aa  44.3  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.693748  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0709  apolipoprotein N-acyltransferase  29.41 
 
 		 520 aa  43.5  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.309882  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0552  apolipoprotein N-acyltransferase  24.02 
 
 		 500 aa  43.5  0.007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0403  apolipoprotein N-acyltransferase  25.87 
 
 		 503 aa  43.5  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.44742 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2579  apolipoprotein N-acyltransferase  27.57 
 
 		 511 aa  43.5  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.170018 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3700  apolipoprotein N-acyltransferase  27.37 
 
 		 515 aa  43.1  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.582606  hitchhiker  0.0000254581 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0418  apolipoprotein N-acyltransferase  25.87 
 
 		 503 aa  43.1  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.618227  normal  0.927373 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1303  hypothetical protein  25 
 
 		 511 aa  43.1  0.009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>