36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1412 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1412  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 
372 aa  771    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0237532 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3583  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  39.53 
 
 
357 aa  239  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.445439  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2346  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  37.08 
 
 
368 aa  239  8e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2554  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  37.46 
 
 
364 aa  236  6e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3385  Radical SAM domain protein  35.31 
 
 
843 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0700  hypothetical protein  36.01 
 
 
366 aa  215  9.999999999999999e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3234  polysaccharide biosynthesis protein  34.3 
 
 
377 aa  212  9e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2105  polysaccharide biosynthesis protein  35.34 
 
 
363 aa  209  5e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0042  polysaccharide biosynthesis protein  32.96 
 
 
383 aa  208  1e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3246  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  35.45 
 
 
358 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3239  tetratricopeptide TPR_2  34.72 
 
 
955 aa  207  3e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.502177  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1508  hypothetical protein  35.9 
 
 
381 aa  206  7e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.261269  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03177  hypothetical protein  31.18 
 
 
695 aa  184  3e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0713638  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1198  WbwX  30.93 
 
 
361 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.696944  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2479  glycosyl transferase family protein  28.13 
 
 
882 aa  179  4.999999999999999e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.524105  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0304  hypothetical protein  30.7 
 
 
358 aa  179  7e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4087  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like  32.58 
 
 
751 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.885758  normal  0.378221 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3918  hypothetical protein  32.58 
 
 
751 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0298  hypothetical protein  30.7 
 
 
358 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0253  hypothetical protein  30.81 
 
 
358 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0128  glycosyl transferase family 2  30.79 
 
 
1077 aa  177  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0334  hypothetical protein  30.7 
 
 
358 aa  177  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0319  hypothetical protein  31.27 
 
 
358 aa  176  5e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0519  hypothetical protein  31.76 
 
 
686 aa  175  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414817  normal  0.208211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6326  glycosyl transferase group 1  31.56 
 
 
787 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0320  methyltransferase type 11  31.98 
 
 
1082 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2561  glycosyl transferase, group 2 family protein  29.68 
 
 
957 aa  171  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0615  glycosyl transferase, group 1  30.35 
 
 
1247 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.00376413  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0273  hypothetical protein  31.82 
 
 
317 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.798634  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0538  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.14 
 
 
734 aa  161  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.644164 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0259  hypothetical protein  31.82 
 
 
317 aa  160  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1054  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.46 
 
 
734 aa  159  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393158  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2521  hypothetical protein  21.46 
 
 
381 aa  69.7  0.00000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540402  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2508  hypothetical protein  21.21 
 
 
381 aa  68.6  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000156846  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1633  hypothetical protein  25.63 
 
 
609 aa  54.3  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4007  polysaccharide biosynthesis protein  67.74 
 
 
47 aa  48.1  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>