38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0538 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0538  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 
734 aa  1508    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.644164 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1054  lipopolysaccharide biosynthesis protein  86.92 
 
 
734 aa  1285    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.393158  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3239  tetratricopeptide TPR_2  50.29 
 
 
955 aa  372  1e-101  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.502177  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0519  hypothetical protein  47.38 
 
 
686 aa  353  8e-96  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414817  normal  0.208211 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0042  polysaccharide biosynthesis protein  44.62 
 
 
383 aa  350  5e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6326  glycosyl transferase group 1  49.57 
 
 
787 aa  340  5e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0320  methyltransferase type 11  42.13 
 
 
1082 aa  328  2.0000000000000001e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2105  polysaccharide biosynthesis protein  45.94 
 
 
363 aa  326  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03177  hypothetical protein  45.8 
 
 
695 aa  318  3e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0713638  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3234  polysaccharide biosynthesis protein  44.48 
 
 
377 aa  314  3.9999999999999997e-84  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0615  glycosyl transferase, group 1  42.51 
 
 
1247 aa  310  9e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.00376413  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0128  glycosyl transferase family 2  44.71 
 
 
1077 aa  302  1e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3246  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  44.89 
 
 
358 aa  302  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2346  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  41.8 
 
 
368 aa  296  6e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2479  glycosyl transferase family protein  43.47 
 
 
882 aa  296  1e-78  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.524105  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2561  glycosyl transferase, group 2 family protein  41.52 
 
 
957 aa  282  1e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3385  Radical SAM domain protein  42.24 
 
 
843 aa  281  2e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1508  hypothetical protein  39.95 
 
 
381 aa  274  3e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.261269  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0334  hypothetical protein  39.49 
 
 
358 aa  263  1e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0298  hypothetical protein  39.27 
 
 
358 aa  262  1e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0319  hypothetical protein  38.86 
 
 
358 aa  261  3e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0304  hypothetical protein  38.46 
 
 
358 aa  261  3e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4087  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like  40.5 
 
 
751 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.885758  normal  0.378221 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3918  hypothetical protein  40.5 
 
 
751 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0253  hypothetical protein  38.14 
 
 
358 aa  253  1e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3583  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  41.29 
 
 
357 aa  245  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.445439  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2554  lipopolysaccharide biosynthesis protein-like protein  38.87 
 
 
364 aa  240  6.999999999999999e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1198  WbwX  35.73 
 
 
361 aa  239  2e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.696944  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0700  hypothetical protein  35.23 
 
 
366 aa  235  2.0000000000000002e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0273  hypothetical protein  36.73 
 
 
317 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.798634  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0259  hypothetical protein  36.73 
 
 
317 aa  222  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1412  tetratricopeptide TPR_2  30.4 
 
 
372 aa  179  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0237532 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2508  hypothetical protein  27.3 
 
 
381 aa  98.6  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.00000156846  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2521  hypothetical protein  27.04 
 
 
381 aa  97.4  9e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000540402  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4007  polysaccharide biosynthesis protein  52.17 
 
 
47 aa  55.5  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3007  hypothetical protein  22.22 
 
 
576 aa  55.1  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3361  hypothetical protein  24.4 
 
 
355 aa  50.8  0.00008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.148862 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3365  hypothetical protein  28.74 
 
 
348 aa  45.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.792231  normal  0.845884 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>