53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_4063 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  100 
 
 		 421 aa  870    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  99.76 
 
 		 421 aa  869    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  92.4 
 
 		 421 aa  795    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  67.69 
 
 		 429 aa  595  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  68.33 
 
 		 432 aa  590  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  67.86 
 
 		 432 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  61.75 
 
 		 427 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  59.66 
 
 		 431 aa  508  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  63.12 
 
 		 426 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  58.8 
 
 		 429 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  59.75 
 
 		 420 aa  502  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  57.59 
 
 		 433 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  58.7 
 
 		 422 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  57.24 
 
 		 431 aa  497  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  58.45 
 
 		 415 aa  496  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  58.92 
 
 		 429 aa  492  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  57.14 
 
 		 431 aa  490  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  57.97 
 
 		 435 aa  485  1e-136  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  57.92 
 
 		 433 aa  483  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  50.62 
 
 		 421 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  47.99 
 
 		 435 aa  395  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  36.45 
 
 		 428 aa  296  7e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  37.6 
 
 		 412 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  37.28 
 
 		 398 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  35.98 
 
 		 423 aa  286  5.999999999999999e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  35.15 
 
 		 435 aa  285  7e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  36.5 
 
 		 396 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  36.25 
 
 		 398 aa  279  8e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  37.06 
 
 		 405 aa  278  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  34.79 
 
 		 427 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  31.93 
 
 		 437 aa  181  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  32.39 
 
 		 406 aa  181  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  30.21 
 
 		 389 aa  100  6e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.72 
 
 		 392 aa  88.6  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 		 348 aa  56.6  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  23.64 
 
 		 348 aa  56.6  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  21.48 
 
 		 360 aa  54.3  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  22.76 
 
 		 351 aa  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  20.42 
 
 		 345 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1583  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor (SPBP)  23.62 
 
 		 362 aa  48.5  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0473653  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0086  putrescine ABC transporter, periplasmic putrescine-binding protein, putative  21.13 
 
 		 343 aa  48.5  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  23.57 
 
 		 360 aa  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1581  putative ABC transport system, exported substrate-binding protein  21.13 
 
 		 452 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.319599  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 		 369 aa  47.8  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0098  ABC transport system, exported substrate-binding protein  21.13 
 
 		 343 aa  47.4  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003484  ABC transporter periplasmic spermidine putrescine-binding protein PotD  22.19 
 
 		 343 aa  46.2  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000109214  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.21 
 
 		 360 aa  45.8  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  22.19 
 
 		 343 aa  45.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 355 aa  45.8  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3955  twin-arginine translocation pathway signal  20.19 
 
 		 374 aa  45.1  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2162  extracellular solute-binding protein  20.43 
 
 		 374 aa  45.1  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  27.81 
 
 		 348 aa  43.5  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  21.55 
 
 		 366 aa  43.1  0.009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>