More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3306 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_3306  50S ribosomal protein L24  100 
 
 
102 aa  196  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000014944  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3168  50S ribosomal protein L24  96.08 
 
 
102 aa  188  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000400105  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3008  50S ribosomal protein L24  82.35 
 
 
102 aa  162  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00264968  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3286  50S ribosomal protein L24  81.37 
 
 
102 aa  159  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000751448  decreased coverage  0.000000509284 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2939  50S ribosomal protein L24  81.37 
 
 
102 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.000000068942  hitchhiker  0.00000399132 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1935  50S ribosomal protein L24  79.41 
 
 
102 aa  156  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000142192  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2621  50S ribosomal protein L24  79.41 
 
 
102 aa  156  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.199386  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3765  50S ribosomal protein L24  79.41 
 
 
102 aa  156  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000275135  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3793  50S ribosomal protein L24  79.41 
 
 
102 aa  156  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.098  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3158  50S ribosomal protein L24  79.41 
 
 
102 aa  156  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000569435  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3057  50S ribosomal protein L24  79.41 
 
 
102 aa  156  7e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000284312  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3735  50S ribosomal protein L24  79.41 
 
 
102 aa  156  7e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000153975  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3489  50S ribosomal protein L24  79.41 
 
 
102 aa  156  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00124411  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3458  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  155  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515991  decreased coverage  0.00425299 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0338  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000146987  normal  0.0110732 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0260  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0016412  hitchhiker  0.00832042 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2748  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211604  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0287  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  155  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000208318  normal  0.0220043 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0278  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  155  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000698437  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0359  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  155  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000304489  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2828  50S ribosomal protein L24  78.43 
 
 
102 aa  152  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000539429  normal  0.361907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0325  50S ribosomal protein L24  74.51 
 
 
102 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000177904  decreased coverage  0.0025148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3633  50S ribosomal protein L24  75.49 
 
 
102 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000432444  decreased coverage  0.00000000000135878 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0061  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
102 aa  140  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000762997  hitchhiker  1.34485e-17 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0064  50S ribosomal protein L24  67.65 
 
 
102 aa  140  5e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000643332  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0384  50S ribosomal protein L24  64.76 
 
 
106 aa  127  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000110242  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0392  50S ribosomal protein L24  64.76 
 
 
106 aa  127  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277402  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0612  50S ribosomal protein L24  63.81 
 
 
106 aa  126  9.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00279937  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1033  50S ribosomal protein L24  60 
 
 
106 aa  121  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000385068  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2314  50S ribosomal protein L24  62.38 
 
 
106 aa  121  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00356207  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3938  50S ribosomal protein L24  63.81 
 
 
105 aa  120  5e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3327  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
105 aa  119  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000922916  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0331  50S ribosomal protein L24  58.1 
 
 
106 aa  118  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000000249202  hitchhiker  0.00112167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5059  50S ribosomal protein L24  63.46 
 
 
110 aa  118  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0803944  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0486  50S ribosomal protein L24  60 
 
 
106 aa  117  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000769902  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4232  50S ribosomal protein L24  62 
 
 
106 aa  116  9e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000941051  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0330  50S ribosomal protein L24  60 
 
 
106 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.5069e-23  unclonable  0.0000000479114 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06360  50S ribosomal protein L24  56.12 
 
 
104 aa  115  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127864  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0848  50S ribosomal protein L24  58.16 
 
 
104 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08960  50S ribosomal protein L24  58.16 
 
 
104 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0786471  normal  0.0497722 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0290  50S ribosomal protein L24  59.05 
 
 
105 aa  110  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000794802  hitchhiker  0.00000184934 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2361  50S ribosomal protein L24  55.24 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.449778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0637  ribosomal protein L24  56.12 
 
 
104 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000000374833  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0224  50S ribosomal protein L24  58 
 
 
104 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000086996  unclonable  0.00000723515 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4537  50S ribosomal protein L24  55.1 
 
 
104 aa  108  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407127  normal  0.120344 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0498  50S ribosomal protein L24  55.1 
 
 
104 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000033533  normal  0.098699 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0465  50S ribosomal protein L24  55.1 
 
 
104 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.451517  hitchhiker  0.00000267089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4738  50S ribosomal protein L24  55.1 
 
 
104 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0127139  normal  0.762072 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0495  50S ribosomal protein L24  55.1 
 
 
104 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105186  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3898  50S ribosomal protein L24  54.08 
 
 
104 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00126984  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0181  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000129578  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00949  50S ribosomal protein L24  53.92 
 
 
104 aa  106  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000585684  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5068  50S ribosomal protein L24  56.12 
 
 
104 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000162639  normal  0.122565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0169  50S ribosomal protein L24  54 
 
 
104 aa  105  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000484148  hitchhiker  0.000323291 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0306  ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  105  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0004461  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0195  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  104  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000100309  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0211  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000151512  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4159  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000135344  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4045  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000115284  unclonable  0.00000000000347385 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0207  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0159  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  104  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000158735  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04510  50S ribosomal protein L24  51.46 
 
 
105 aa  103  6e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0040022  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2313  50S ribosomal protein L24  51.43 
 
 
105 aa  103  6e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.103377  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1000  50S ribosomal protein L24  52.48 
 
 
104 aa  103  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00244473  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3748  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  103  6e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000844667  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4306  50S ribosomal protein L24  51 
 
 
104 aa  103  8e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000126624  unclonable  0.0000000000482395 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4265  50S ribosomal protein L24  53.33 
 
 
105 aa  103  9e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000655615  unclonable  0.00000000000267825 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0294  50S ribosomal protein L24  54 
 
 
104 aa  102  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000911949  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0416  50S ribosomal protein L24P  57.14 
 
 
107 aa  102  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000110454  normal  0.227235 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4679  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  103  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000175822  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0594  50S ribosomal protein L24  54 
 
 
104 aa  102  1e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000014526  normal  0.407014 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3903  50S ribosomal protein L24  54 
 
 
104 aa  102  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000356583  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2158  ribosomal protein L24  50.96 
 
 
104 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0775088  normal  0.23262 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0242  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0500  50S ribosomal protein L24  50.49 
 
 
105 aa  102  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000146538  decreased coverage  0.00101346 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3811  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000390603  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0210  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216375  unclonable  0.0000000000129617 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0205  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000193081  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0210  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  102  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000745945  hitchhiker  0.00000000136946 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4533  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  101  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114986  hitchhiker  0.00167683 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0495  50S ribosomal protein L24  49.51 
 
 
105 aa  101  4e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000419023  normal  0.0253858 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3513  ribosomal protein L24  48 
 
 
104 aa  101  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000647333  hitchhiker  0.0000000884976 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3990  50S ribosomal protein L24  52 
 
 
104 aa  101  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0024494  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03160  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000206027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0404  ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002398  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3625  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301612  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3694  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000331178  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3625  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00533524  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3733  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.012207  normal  0.015742 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3796  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0307428  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3698  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000743122  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3792  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000256632  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0404  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000000839278  hitchhiker  0.0000141467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3604  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000161475  normal  0.0245278 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3503  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000502759  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0416  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000325696  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4632  50S ribosomal protein L24  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000390519  normal  0.45352 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03111  hypothetical protein  53 
 
 
104 aa  100  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000161136  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0334  50S ribosomal protein L24  54 
 
 
104 aa  100  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000849803  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0847  50S ribosomal protein L24  49.52 
 
 
105 aa  100  6e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>