More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3008 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3008  50S ribosomal protein L24  100 
 
 
102 aa  195  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00264968  normal  0.0238785 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2939  50S ribosomal protein L24  98.04 
 
 
102 aa  191  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  unclonable  0.000000068942  hitchhiker  0.00000399132 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3286  50S ribosomal protein L24  97.06 
 
 
102 aa  190  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.000000000751448  decreased coverage  0.000000509284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3168  50S ribosomal protein L24  85.29 
 
 
102 aa  166  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000000400105  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3306  50S ribosomal protein L24  82.35 
 
 
102 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000014944  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3735  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000153975  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2621  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.199386  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3765  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000275135  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3458  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000515991  decreased coverage  0.00425299 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3793  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.098  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3057  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000284312  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0338  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000146987  normal  0.0110732 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3158  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000569435  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0287  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000208318  normal  0.0220043 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2748  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211604  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0278  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000698437  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3489  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00124411  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0359  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000304489  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1935  50S ribosomal protein L24  77.45 
 
 
102 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000142192  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0260  50S ribosomal protein L24  73.53 
 
 
102 aa  143  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0016412  hitchhiker  0.00832042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2828  50S ribosomal protein L24  75.49 
 
 
102 aa  143  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000539429  normal  0.361907 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0064  50S ribosomal protein L24  65.69 
 
 
102 aa  135  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000643332  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0061  50S ribosomal protein L24  65.69 
 
 
102 aa  135  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000762997  hitchhiker  1.34485e-17 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3633  50S ribosomal protein L24  71.57 
 
 
102 aa  134  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000432444  decreased coverage  0.00000000000135878 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0325  50S ribosomal protein L24  71.57 
 
 
102 aa  134  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000177904  decreased coverage  0.0025148 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0392  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
106 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0277402  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0384  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
106 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000110242  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1033  50S ribosomal protein L24  59.05 
 
 
106 aa  118  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000385068  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0612  50S ribosomal protein L24  59.05 
 
 
106 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00279937  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0331  50S ribosomal protein L24  58.1 
 
 
106 aa  113  6.9999999999999995e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000000249202  hitchhiker  0.00112167 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0330  50S ribosomal protein L24  62.86 
 
 
106 aa  113  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.5069e-23  unclonable  0.0000000479114 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3938  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
105 aa  113  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3327  50S ribosomal protein L24  60.95 
 
 
105 aa  110  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000922916  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5059  50S ribosomal protein L24  57.01 
 
 
110 aa  109  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0803944  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0486  50S ribosomal protein L24  58.1 
 
 
106 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000769902  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2314  50S ribosomal protein L24  54.37 
 
 
106 aa  107  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00356207  normal  0.384073 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0290  50S ribosomal protein L24  58.1 
 
 
105 aa  106  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000794802  hitchhiker  0.00000184934 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06360  50S ribosomal protein L24  51.92 
 
 
104 aa  105  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127864  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0306  ribosomal protein L24  53.85 
 
 
104 aa  104  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0004461  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4232  50S ribosomal protein L24  55.34 
 
 
106 aa  103  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000941051  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2361  50S ribosomal protein L24  54.29 
 
 
105 aa  102  1e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.449778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0848  50S ribosomal protein L24  53.85 
 
 
104 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.110978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08960  50S ribosomal protein L24  53.85 
 
 
104 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0786471  normal  0.0497722 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00949  50S ribosomal protein L24  54.9 
 
 
104 aa  102  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000585684  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0637  ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  101  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000000374833  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4537  50S ribosomal protein L24  52.88 
 
 
104 aa  101  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.407127  normal  0.120344 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0416  50S ribosomal protein L24P  57.14 
 
 
107 aa  101  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000110454  normal  0.227235 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04510  50S ribosomal protein L24  53.4 
 
 
105 aa  101  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0040022  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3898  50S ribosomal protein L24  50.96 
 
 
104 aa  100  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00126984  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0465  50S ribosomal protein L24  51.92 
 
 
104 aa  100  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.451517  hitchhiker  0.00000267089 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0495  50S ribosomal protein L24  51.92 
 
 
104 aa  100  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0105186  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4738  50S ribosomal protein L24  51.92 
 
 
104 aa  100  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0127139  normal  0.762072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0498  50S ribosomal protein L24  51.92 
 
 
104 aa  100  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000033533  normal  0.098699 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4265  50S ribosomal protein L24  53.33 
 
 
105 aa  100  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000655615  unclonable  0.00000000000267825 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0730  ribosomal protein L24  53.4 
 
 
106 aa  100  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00351151  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5068  50S ribosomal protein L24  51.92 
 
 
104 aa  100  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000162639  normal  0.122565 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0505  50S ribosomal protein L24  45.63 
 
 
110 aa  99  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0612161  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1000  50S ribosomal protein L24  51.49 
 
 
104 aa  96.7  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00244473  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2313  50S ribosomal protein L24  50.48 
 
 
105 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.103377  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0224  50S ribosomal protein L24  54 
 
 
104 aa  96.7  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000086996  unclonable  0.00000723515 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0444  50S ribosomal protein L24  45.63 
 
 
105 aa  95.9  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0162317  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2158  ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  94.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0775088  normal  0.23262 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0334  ribosomal protein L24  51.92 
 
 
107 aa  94  7e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000366107  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0169  50S ribosomal protein L24  51 
 
 
104 aa  92.8  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000484148  hitchhiker  0.000323291 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0372  50S ribosomal protein L24  52.58 
 
 
101 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1726  50S ribosomal protein L24  52.58 
 
 
101 aa  92.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.267784  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2523  50S ribosomal protein L24  50.52 
 
 
101 aa  92  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0181  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  92.8  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000129578  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0432  50S ribosomal protein L24  47.62 
 
 
105 aa  92.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0323669  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4306  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  91.7  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000126624  unclonable  0.0000000000482395 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0970  50S ribosomal protein L24  49.52 
 
 
105 aa  91.7  3e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000143141  hitchhiker  0.000000947265 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0211  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000151512  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0195  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  91.3  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000100309  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4159  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000135344  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0207  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4045  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  91.3  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000115284  unclonable  0.00000000000347385 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0508  50S ribosomal protein L24  53.33 
 
 
106 aa  90.9  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.019473  hitchhiker  0.000000000313767 
 
 
-
 
NC_004310  BR1222  50S ribosomal protein L24  47.57 
 
 
103 aa  90.9  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0338  50S ribosomal protein L24  53.33 
 
 
106 aa  90.9  5e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.530632  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2246  50S ribosomal protein L24  51.96 
 
 
107 aa  90.9  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00124934  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1967  50S ribosomal protein L24  48.54 
 
 
103 aa  91.3  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00312191  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0770  50S ribosomal protein L24  50.52 
 
 
101 aa  90.9  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.220954  normal  0.799575 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3513  ribosomal protein L24  47 
 
 
104 aa  90.5  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000647333  hitchhiker  0.0000000884976 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0767  50S ribosomal protein L24  51.46 
 
 
105 aa  90.5  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0158392  normal  0.0806837 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3748  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  90.5  7e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000844667  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0348  50S ribosomal protein L24  48.54 
 
 
107 aa  90.5  7e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000772359  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1185  50S ribosomal protein L24  46.6 
 
 
103 aa  90.5  7e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1843  50S ribosomal protein L24  48.54 
 
 
107 aa  90.5  7e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0612  ribosomal protein L24  48.04 
 
 
104 aa  90.5  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.257804  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0437  50S ribosomal protein L24  47.57 
 
 
105 aa  90.1  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000277232  hitchhiker  0.0000906767 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0294  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  90.1  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000911949  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3903  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  90.1  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000356583  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0594  50S ribosomal protein L24  50 
 
 
104 aa  90.1  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000014526  normal  0.407014 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0121  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
103 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000545325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0121  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
103 aa  89.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000111062  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4679  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  89.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000175822  unclonable  0.0000000117044 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0142  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
103 aa  89.4  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000603774  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0602  50S ribosomal protein L24  50.52 
 
 
101 aa  90.1  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0205  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000193081  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0210  50S ribosomal protein L24  49 
 
 
104 aa  89.4  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000745945  hitchhiker  0.00000000136946 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>