More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0034 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  97.96 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0042  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0033  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.49867  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0037  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000145223 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0018  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0239908  hitchhiker  0.00100418 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>