16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4489 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4489  conjugal transfer protein TraB  100 
 
 		 403 aa  812    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4542  conjugal transfer protein TraB  27.78 
 
 		 378 aa  93.6  5e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.325638  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5512  conjugal transfer protein TraB  26.67 
 
 		 384 aa  84.3  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.569309  normal  0.0492499 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7066  conjugal transfer protein TraB  27.72 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9597  conjugal transfer protein TraB  26.04 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5005  conjugal transfer protein TraB  24.88 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.441858  normal  0.356102 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5391  conjugal transfer protein TraB  28.25 
 
 		 387 aa  70.5  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.970188  normal  0.166771 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9192  conjugal transfer protein TraB  25 
 
 		 403 aa  70.5  0.00000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.134775  n/a   
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5410  conjugal transfer protein TraB  24.75 
 
 		 417 aa  68.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2806  TraB family protein  24.34 
 
 		 405 aa  65.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5093  conjugal transfer protein TraB  25.13 
 
 		 415 aa  59.7  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.685787 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1731  conjugal transfer protein TraB  22.88 
 
 		 446 aa  57.8  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.518188  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1421  conjugal transfer protein TraB  23.89 
 
 		 436 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1610  TraB family protein  25.2 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0279  conjugal transfer protein TraB  22.4 
 
 		 452 aa  55.5  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5052  conjugal transfer protein TraB  23.14 
 
 		 421 aa  54.3  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.195661  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>