56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3467 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3467  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 94 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.506637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1901  excinuclease ABC subunit C  86.81 
 
 		 93 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.873761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4146  Excinuclease ABC C subunit domain protein  85.71 
 
 		 114 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.824379  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3661  excinuclease ABC subunit C  76.47 
 
 		 101 aa  140  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.902012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.05 
 
 		 80 aa  67.8  0.00000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.84 
 
 		 84 aa  65.1  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  48.05 
 
 		 130 aa  65.1  0.0000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.05 
 
 		 77 aa  61.2  0.000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  41.18 
 
 		 96 aa  61.2  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  41.18 
 
 		 97 aa  61.2  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.58 
 
 		 91 aa  60.5  0.000000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2011  endonuclease  39.76 
 
 		 98 aa  57.8  0.00000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000274341  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  40.51 
 
 		 89 aa  57.8  0.00000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.18 
 
 		 88 aa  57  0.00000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.19 
 
 		 86 aa  55.8  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0778  hypothetical protein  42.03 
 
 		 88 aa  54.3  0.0000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.68184  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  40.85 
 
 		 83 aa  50.4  0.000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1970  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.65 
 
 		 121 aa  50.1  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.712679  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  34.33 
 
 		 82 aa  49.7  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21070  predicted endonuclease containing a URI domain  35.8 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.76 
 
 		 80 aa  49.7  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  33.82 
 
 		 90 aa  49.7  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1944  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.39 
 
 		 84 aa  48.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.752306 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0682  excinuclease ABC subunit C  36.11 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000227073  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0080  excinuclease ABC subunit C  44.12 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.76446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  49.25 
 
 		 94 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.58 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0522  excinuclease ABC subunit C  32.84 
 
 		 82 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.199527  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0509  excinuclease ABC subunit C  32.84 
 
 		 82 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.107949  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.38 
 
 		 105 aa  47.8  0.00006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0210  hypothetical protein  40.3 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.101895  normal  0.644199 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3617  putative excinuclease, subunit C  36.05 
 
 		 98 aa  46.2  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2985  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.36 
 
 		 80 aa  45.4  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00056528  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0446  excinuclease ABC subunit C  42.65 
 
 		 80 aa  44.3  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000029981  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  39.02 
 
 		 87 aa  44.7  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0033  GIY-YIG nuclease superfamily protein  37.68 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0030  GIY-YIG nuclease superfamily protein  35.29 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1312  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.51 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.12439  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  38.57 
 
 		 338 aa  43.5  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000866383  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0452  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.18 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122957  normal  0.760356 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0034  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.23 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0040  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.23 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.23 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2919  endonuclease  42.65 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4267  excinuclease ABC subunit C  44.12 
 
 		 180 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0032  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.23 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0031  GIY-YIG nuclease superfamily protein  36.23 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5558  excinuclease ABC subunit C  35.29 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  35.29 
 
 		 88 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1438  excinuclease ABC subunit C  39.39 
 
 		 86 aa  42  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4364  putative excinuclease ABC protein, C subunit  37.31 
 
 		 69 aa  41.6  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0179482 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3608  GIY-YIG nuclease superfamily protein  39.71 
 
 		 88 aa  41.6  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.942188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0671  Excinuclease ABC C subunit domain protein  32.5 
 
 		 84 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.807628  normal  0.146567 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3334  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.24 
 
 		 100 aa  40.4  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692644  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3055  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.62 
 
 		 103 aa  40.4  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3514  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.81 
 
 		 151 aa  40.4  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>