45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0840 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  100 
 
 		 230 aa  480  1e-135  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  80.43 
 
 		 225 aa  383  1e-105  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  65.18 
 
 		 222 aa  285  4e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  60.35 
 
 		 222 aa  278  4e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  60.26 
 
 		 244 aa  262  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  59.83 
 
 		 222 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  57.47 
 
 		 226 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  63.4 
 
 		 192 aa  238  5.999999999999999e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  47.96 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.61 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.2 
 
 		 224 aa  171  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.36 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.84 
 
 		 227 aa  171  7.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  42.22 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.59 
 
 		 232 aa  165  5e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.42 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.96 
 
 		 228 aa  156  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.99 
 
 		 234 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.24 
 
 		 220 aa  155  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.7 
 
 		 228 aa  154  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  42.15 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  41.82 
 
 		 220 aa  151  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  39.37 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.72 
 
 		 222 aa  145  5e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  40.27 
 
 		 223 aa  145  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  40.52 
 
 		 243 aa  143  3e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.74 
 
 		 220 aa  141  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.27 
 
 		 218 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.46 
 
 		 222 aa  132  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  38.74 
 
 		 214 aa  131  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.1 
 
 		 221 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.1 
 
 		 221 aa  131  9e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  37.05 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.65 
 
 		 212 aa  130  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.79 
 
 		 236 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.1 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.1 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.56 
 
 		 214 aa  129  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.14 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.08 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.49 
 
 		 224 aa  90.5  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  32.8 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.92 
 
 		 117 aa  52.4  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.92 
 
 		 117 aa  52  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 206 aa  42  0.007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>