216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1980 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1980  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
143 aa  292  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00504481 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2936  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  92.13 
 
 
127 aa  243  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3212  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  65.49 
 
 
144 aa  199  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.502813 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6234  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  46.48 
 
 
151 aa  128  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.655235  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2179  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.53 
 
 
153 aa  90.9  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.941254 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1825  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  35.34 
 
 
135 aa  87  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.893199  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4979  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.59 
 
 
165 aa  86.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000257887 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2827  putative lipoprotein  33.33 
 
 
139 aa  80.1  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0331828  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2904  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.6 
 
 
140 aa  79.7  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.347392  normal  0.579092 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1659  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.82 
 
 
137 aa  78.2  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0707  hypothetical protein  29.85 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.133766 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0414  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.55 
 
 
132 aa  74.3  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0661  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.4 
 
 
137 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0500  hypothetical protein  30.4 
 
 
137 aa  74.3  0.0000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0189  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.51 
 
 
168 aa  72  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0987  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.68 
 
 
137 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1236  hypothetical protein  33.06 
 
 
164 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2597  hypothetical protein  33.06 
 
 
164 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0830  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.1 
 
 
137 aa  68.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1360  hypothetical protein  33.06 
 
 
164 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1094  hypothetical protein  33.06 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171827  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0205  hypothetical protein  33.06 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0478  hypothetical protein  33.06 
 
 
164 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0528952  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1446  hypothetical protein  32.26 
 
 
164 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2171  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
130 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0763  hypothetical protein  29.55 
 
 
148 aa  67  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.202538 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1406  hypothetical protein  31.97 
 
 
164 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.951325  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1578  hypothetical protein  33.9 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.418396  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1511  hypothetical protein  29.41 
 
 
137 aa  65.9  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.401586  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1801  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.43 
 
 
153 aa  65.1  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292489  hitchhiker  0.00074845 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1962  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.61 
 
 
160 aa  65.5  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.72415  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3405  hypothetical protein  32.98 
 
 
115 aa  64.7  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.580988  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.17 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1655  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.09 
 
 
130 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.290612  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0409  hypothetical protein  28.47 
 
 
137 aa  63.5  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.834181  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  25.83 
 
 
137 aa  62.4  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7100  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
124 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.883539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.17 
 
 
131 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.3 
 
 
153 aa  62.8  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124259  normal  0.831461 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3468  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.4 
 
 
163 aa  62.4  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  31.25 
 
 
135 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3511  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.03 
 
 
138 aa  61.6  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1573  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.94 
 
 
138 aa  62  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.112624  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  31.78 
 
 
129 aa  61.6  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4168  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.76 
 
 
133 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5956  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.25 
 
 
124 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.735238  normal  0.0554207 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5167  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.23 
 
 
129 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.578961 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.34 
 
 
131 aa  60.8  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.4 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.400966  normal  0.594391 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2104  hypothetical protein  34.4 
 
 
156 aa  60.1  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.19996  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  27.94 
 
 
133 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3089  hypothetical protein  31.62 
 
 
130 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2092  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.94 
 
 
147 aa  59.7  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0175411  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07594  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_2G15290)  30.65 
 
 
136 aa  58.9  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.651423 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0078  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.27 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.55179 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3388  hypothetical protein  29.32 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0451  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.19 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333095  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2364  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.76 
 
 
133 aa  58.2  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0878  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.01 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3816  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.93 
 
 
130 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.496132  normal  0.533485 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0450  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.33 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000104305  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1413  hypothetical protein  28.57 
 
 
133 aa  57.8  0.00000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.584165  normal  0.0202303 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.37 
 
 
142 aa  57.4  0.00000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.371874  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1891  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.07 
 
 
124 aa  57.4  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0984276 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4408  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.82 
 
 
135 aa  57  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0575  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.46 
 
 
162 aa  57.4  0.00000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0962204  hitchhiker  0.00000348554 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2194  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.15 
 
 
137 aa  57.4  0.00000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.36194  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1447  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.19 
 
 
136 aa  57  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724218  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0334  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.73 
 
 
134 aa  57  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.83 
 
 
161 aa  57  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.47 
 
 
129 aa  56.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6382  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.21 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28950  hypothetical protein  28.57 
 
 
130 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.906248  hitchhiker  0.0000303722 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3845  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.75 
 
 
127 aa  56.6  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05940  DUF636 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_1G03180)  26.77 
 
 
142 aa  55.5  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3850  hypothetical protein  28.46 
 
 
133 aa  55.8  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0497  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.73 
 
 
130 aa  55.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4001  hypothetical protein  28.57 
 
 
130 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985025  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1700  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.5 
 
 
151 aa  55.5  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4517  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.68 
 
 
150 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.463989  normal  0.0645739 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3911  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.89 
 
 
130 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.06 
 
 
136 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3260  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.17 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0854  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.56 
 
 
135 aa  55.1  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2294  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.47 
 
 
153 aa  55.1  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0579  hypothetical protein  27.13 
 
 
141 aa  55.5  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2783  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.32 
 
 
133 aa  55.1  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0569406  hitchhiker  0.000528708 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0221  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.06 
 
 
135 aa  54.7  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.58 
 
 
145 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.27 
 
 
142 aa  54.7  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06309  hypothetical protein  31.4 
 
 
133 aa  54.7  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.06 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4252  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.14 
 
 
150 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2864  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.93 
 
 
143 aa  54.3  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.567755  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2353  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.93 
 
 
143 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0485749  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3121  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.55 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.540481  normal  0.0305982 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.36 
 
 
128 aa  54.3  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2632  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.74 
 
 
137 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1582  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  24.41 
 
 
135 aa  53.9  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.625923  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2000  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.56 
 
 
133 aa  53.5  0.0000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.385456  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>