41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1068 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1068  anti sigma-E protein, RseA  100 
 
 		 196 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497141  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1428  anti sigma-E protein, RseA  96.94 
 
 		 196 aa  353  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.128867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4293  anti sigma-E protein, RseA  96.94 
 
 		 196 aa  353  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4379  anti sigma-E protein, RseA  96.94 
 
 		 196 aa  353  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1363  anti sigma-E protein, RseA  81.73 
 
 		 195 aa  287  8e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073652  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4223  sigma factor algU negative regulatory protein MucA  78.79 
 
 		 196 aa  267  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3957  anti sigma-E protein RseA, N-terminal:anti sigma-E protein RseA, C-terminal  78.79 
 
 		 196 aa  267  8.999999999999999e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54420  anti-sigma factor MucA  66.17 
 
 		 194 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4756  anti-sigma factor MucA  65.67 
 
 		 194 aa  227  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13700  sigma factor algU negative regulatory protein MucA  62.44 
 
 		 195 aa  216  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1468  anti sigma-E protein, RseA  68.69 
 
 		 191 aa  203  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0143523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  36.32 
 
 		 224 aa  71.2  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1627  negative regulator of sigma E activity-like protein  34.56 
 
 		 263 aa  64.7  0.0000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2262  anti sigma-E protein, RseA  30.41 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.304895  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  40.15 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.4 
 
 		 217 aa  54.7  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.88 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.88 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.88 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.88 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.88 
 
 		 216 aa  51.6  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  36.29 
 
 		 215 aa  51.6  0.000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.52 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.52 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.52 
 
 		 218 aa  50.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.88 
 
 		 212 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  31.88 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  31.88 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.88 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.88 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.88 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.88 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  31.88 
 
 		 216 aa  50.1  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.35 
 
 		 216 aa  49.3  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.26 
 
 		 216 aa  49.3  0.00004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.68 
 
 		 215 aa  48.5  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  36.97 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  30.47 
 
 		 200 aa  44.3  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  30.65 
 
 		 205 aa  43.9  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  30.66 
 
 		 212 aa  42.7  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1063  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  27.71 
 
 		 221 aa  41.2  0.01  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000155817  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>