48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_54420 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_54420  anti-sigma factor MucA  100 
 
 
194 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351707  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4756  anti-sigma factor MucA  98.97 
 
 
194 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1363  anti sigma-E protein, RseA  67.86 
 
 
195 aa  227  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073652  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13700  sigma factor algU negative regulatory protein MucA  64.65 
 
 
195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1068  anti sigma-E protein, RseA  66.17 
 
 
196 aa  219  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497141  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1428  anti sigma-E protein, RseA  65.67 
 
 
196 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.128867  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4379  anti sigma-E protein, RseA  65.67 
 
 
196 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.266341 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4293  anti sigma-E protein, RseA  65.67 
 
 
196 aa  216  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479918  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1468  anti sigma-E protein, RseA  66.67 
 
 
191 aa  207  8e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0143523  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4223  sigma factor algU negative regulatory protein MucA  67.01 
 
 
196 aa  204  9e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3957  anti sigma-E protein RseA, N-terminal:anti sigma-E protein RseA, C-terminal  67.01 
 
 
196 aa  203  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195808  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  51.35 
 
 
224 aa  75.5  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1627  negative regulator of sigma E activity-like protein  43.75 
 
 
263 aa  74.7  0.0000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2262  anti sigma-E protein, RseA  31.98 
 
 
188 aa  65.1  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.304895  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.94 
 
 
217 aa  60.1  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.78 
 
 
216 aa  58.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.78 
 
 
216 aa  58.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.78 
 
 
216 aa  58.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.78 
 
 
216 aa  58.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.78 
 
 
216 aa  58.5  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.85 
 
 
215 aa  54.7  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  34.03 
 
 
193 aa  53.9  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.33 
 
 
216 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.33 
 
 
212 aa  53.5  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.33 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  33.33 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  33.33 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.33 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.33 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  33.33 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  33.33 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002492  sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA  33.1 
 
 
208 aa  52.4  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0123192  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  40.17 
 
 
200 aa  52  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03541  negative regulator of sigma E activity  31.69 
 
 
212 aa  51.2  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.66 
 
 
215 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.45 
 
 
218 aa  50.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.45 
 
 
218 aa  50.4  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.45 
 
 
218 aa  50.4  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.52 
 
 
216 aa  49.3  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  29.46 
 
 
205 aa  48.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  27.32 
 
 
200 aa  47.4  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2044  sigma-E factor negative regulatory protein RseA  29.32 
 
 
212 aa  47.4  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2530  sigma-E factor negative regulatory protein  31.4 
 
 
205 aa  46.6  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  30.33 
 
 
200 aa  45.1  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1154  anti sigma-E protein, RseA  29.6 
 
 
206 aa  43.1  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000647553  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1063  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  28.67 
 
 
221 aa  41.6  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000155817  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2465  anti sigma-E protein RseA-like  37.18 
 
 
195 aa  41.2  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1343  sigma-E factor negative regulatory protein  24.48 
 
 
207 aa  41.2  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>