40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3957 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3957  anti sigma-E protein RseA, N-terminal:anti sigma-E protein RseA, C-terminal  100 
 
 
196 aa  387  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.195808  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4223  sigma factor algU negative regulatory protein MucA  98.98 
 
 
196 aa  384  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1428  anti sigma-E protein, RseA  79.08 
 
 
196 aa  286  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.128867  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4293  anti sigma-E protein, RseA  79.08 
 
 
196 aa  286  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479918  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4379  anti sigma-E protein, RseA  79.08 
 
 
196 aa  286  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.266341 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1363  anti sigma-E protein, RseA  80.71 
 
 
195 aa  284  5.999999999999999e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073652  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1068  anti sigma-E protein, RseA  78.79 
 
 
196 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497141  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54420  anti-sigma factor MucA  67.01 
 
 
194 aa  230  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351707  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4756  anti-sigma factor MucA  66.5 
 
 
194 aa  228  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13700  sigma factor algU negative regulatory protein MucA  60.91 
 
 
195 aa  211  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1468  anti sigma-E protein, RseA  65.99 
 
 
191 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0143523  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2250  secretion protein HlyD  49.41 
 
 
224 aa  67  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000000471731  normal  0.0806236 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1627  negative regulator of sigma E activity-like protein  37.98 
 
 
263 aa  64.7  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2849  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.01 
 
 
216 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.868884  normal  0.164136 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2853  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.01 
 
 
216 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.639249  normal  0.372859 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2831  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.01 
 
 
216 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2749  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.01 
 
 
216 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.441788  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2965  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  34.01 
 
 
216 aa  59.3  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03004  sigma E factor negative regulatory protein  41.03 
 
 
193 aa  55.5  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000104039  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2262  anti sigma-E protein, RseA  35.58 
 
 
188 aa  55.1  0.0000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.304895  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3059  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  31.33 
 
 
216 aa  54.3  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.185933  hitchhiker  0.000202602 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3154  sigma-E factor negative regulatory protein  37.29 
 
 
200 aa  52  0.000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000214803  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3076  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  35.16 
 
 
215 aa  50.8  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000352623  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2937  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  29.93 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.339714  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3809  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  30.34 
 
 
212 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0371131  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2725  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  29.93 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.07615  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1105  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  29.93 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.353029  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02430  hypothetical protein  29.93 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02466  anti-sigma factor  29.93 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2858  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  29.93 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0465052  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2727  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  29.93 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.246121  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1096  anti sigma-E protein, RseA  29.93 
 
 
216 aa  50.8  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.076128  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1049  anti sigma-E protein, RseA  34.92 
 
 
200 aa  48.5  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00135611  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2934  anti sigma-E protein RseA domain-containing protein  33.33 
 
 
205 aa  47.4  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0136757  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3605  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  28.47 
 
 
218 aa  46.6  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0131653  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1183  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  28.47 
 
 
218 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.013522  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1130  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  28.47 
 
 
218 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0835394  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2790  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  28.91 
 
 
217 aa  45.4  0.0005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00342935  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1199  anti-RNA polymerase sigma factor SigE  32.26 
 
 
215 aa  45.1  0.0007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000199919  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1238  anti sigma-E protein, RseA  30.51 
 
 
200 aa  42  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000123074  hitchhiker  0.000016477 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>