More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0587 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0587  translation initiation factor IF-1  100 
 
 		 86 aa  176  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0981  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 85 aa  133  6.0000000000000005e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.359493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1356  translation initiation factor IF-1  83.33 
 
 		 85 aa  133  6.0000000000000005e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0509  translation initiation factor 1  68.24 
 
 		 87 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0539  translation initiation factor 1  69.41 
 
 		 88 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.3184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4823  translation initiation factor IF-1  79.17 
 
 		 83 aa  127  6e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.407366  normal  0.359715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3132  translation initiation factor IF-1  65.52 
 
 		 87 aa  126  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.319222  normal  0.203192 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3906  translation initiation factor IF-1  73.33 
 
 		 89 aa  126  9.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.466658 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2034  translation initiation factor IF-1  70.37 
 
 		 88 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1670  translation initiation factor IF-1  70.37 
 
 		 88 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2954  translation initiation factor IF-1  77.78 
 
 		 85 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.119854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4661  translation initiation factor IF-1  69.14 
 
 		 82 aa  125  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0692274  normal  0.0189166 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2961  translation initiation factor IF-1  66.28 
 
 		 86 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0227177  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5211  translation initiation factor IF-1  73.33 
 
 		 90 aa  125  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7886  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2388  translation initiation factor IF-1  66.28 
 
 		 86 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261522  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0775  translation initiation factor IF-1  75 
 
 		 88 aa  120  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0735491  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5666  translation initiation factor IF-1  65.85 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7021  translation initiation factor IF-1  63.1 
 
 		 96 aa  119  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.037971  normal  0.608799 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1067  translation initiation factor IF-1  65.85 
 
 		 90 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.170499 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3442  translation initiation factor IF-1  66.28 
 
 		 87 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0386884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1792  translation initiation factor IF-1  63.41 
 
 		 94 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3512  translation initiation factor IF-1  63.41 
 
 		 94 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.684385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5430  translation initiation factor IF-1  61.9 
 
 		 92 aa  118  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1740  translation initiation factor IF-1  61.9 
 
 		 92 aa  118  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1086  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 85 aa  117  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.27871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0399  translation initiation factor IF-1  62.79 
 
 		 93 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3402  translation initiation factor IF-1  60.71 
 
 		 91 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0168888 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0625  translation initiation factor IF-1  63.41 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.336813  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0646  translation initiation factor IF-1  63.41 
 
 		 89 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4193  translation initiation factor IF-1  66.22 
 
 		 92 aa  113  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.562224  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1463  translation initiation factor IF-1  62.34 
 
 		 87 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0312  translation initiation factor IF-1  66.22 
 
 		 93 aa  112  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4360  translation initiation factor IF-1  62.07 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3704  translation initiation factor IF-1  66.22 
 
 		 93 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.448152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3899  translation initiation factor IF-1  62.07 
 
 		 87 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1053  translation initiation factor IF-1  64 
 
 		 91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0989  translation initiation factor IF-1  64 
 
 		 91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0676628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1450  translation initiation factor IF-1  69.86 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4167  translation initiation factor IF-1  66.67 
 
 		 109 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.48128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5839  translation initiation factor IF-1  62.07 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.195419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4463  translation initiation factor IF-1  62.07 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3905  translation initiation factor IF-1  62.07 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1183  translation initiation factor IF-1  64 
 
 		 91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.219123  normal  0.976132 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1139  translation initiation factor IF-1  63.64 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.755906  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2202  translation initiation factor IF-1  63.64 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1295  translation initiation factor IF-1  63.64 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1131  translation initiation factor IF-1  63.64 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.125919  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5742  translation initiation factor IF-1  67.61 
 
 		 73 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5094  translation initiation factor IF-1  61.18 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4408  translation initiation factor IF-1  61.18 
 
 		 88 aa  108  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5765  translation initiation factor IF-1  60 
 
 		 122 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00806393 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5188  translation initiation factor IF-1  64.79 
 
 		 73 aa  106  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0662  translation initiation factor 1  60.56 
 
 		 95 aa  106  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5176  translation initiation factor IF-1  63.38 
 
 		 73 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.411739  normal  0.733527 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2174  translation initiation factor IF-1  64.79 
 
 		 73 aa  103  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.466444 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3205  translation initiation factor IF-1  61.97 
 
 		 91 aa  102  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.737724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0982  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  101  3e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.548938 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2051  translation initiation factor IF-1  61.97 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.708179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2156  translation initiation factor IF-1  63.38 
 
 		 73 aa  101  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2444  translation initiation factor IF-1  61.97 
 
 		 72 aa  101  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.546311  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2239  translation initiation factor IF-1  61.97 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2872  translation initiation factor IF-1  60 
 
 		 72 aa  100  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0587815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0211  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 87 aa  100  9e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.939577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0640  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  99.8  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0249  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  99.4  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.410715  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0267  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 101 aa  99.8  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000000603814  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0323  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  99.8  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0599  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3585  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  99  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.974289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2278  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.414764  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0626  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01400  translation initiation factor IF-1  57.33 
 
 		 75 aa  98.2  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118167  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0526  translation initiation factor IF-1  60 
 
 		 72 aa  98.2  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11892  normal  0.0775298 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0211  translation initiation factor IF-1  57.75 
 
 		 72 aa  98.2  3e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479703  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0270  translation initiation factor IF-1  60 
 
 		 72 aa  97.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0242  translation initiation factor IF-1  60 
 
 		 72 aa  97.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00952866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1130  translation initiation factor IF-1  61.43 
 
 		 72 aa  97.8  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0438739 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1790  translation initiation factor IF-1  59.15 
 
 		 72 aa  97.1  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3557  translation initiation factor IF-1  57.14 
 
 		 72 aa  97.1  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.177852 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1057  translation initiation factor IF-1  56.34 
 
 		 73 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2139  translation initiation factor IF-1  55.71 
 
 		 72 aa  96.3  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4645  translation initiation factor IF-1  55.29 
 
 		 86 aa  96.7  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.628153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2585  translation initiation factor IF-1  57.75 
 
 		 85 aa  96.3  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0187  translation initiation factor IF-1  58.57 
 
 		 72 aa  95.9  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0758  translation initiation factor IF-1  58.57 
 
 		 72 aa  96.3  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00257345 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2132  translation initiation factor 1  54.93 
 
 		 73 aa  95.5  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0444568  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1676  translation initiation factor IF-1  58.57 
 
 		 72 aa  95.9  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.446088 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1790  translation initiation factor IF-1  57.14 
 
 		 72 aa  95.1  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.684782  normal  0.730254 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1058  translation initiation factor IF-1  51.25 
 
 		 98 aa  94.7  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.61112  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0232  translation initiation factor IF-1  53.33 
 
 		 75 aa  94.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2692  translation initiation factor IF-1  54.29 
 
 		 72 aa  94.7  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0849354  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0229  translation initiation factor IF-1  53.33 
 
 		 75 aa  94.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00409892  normal  0.0798851 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0705  translation initiation factor IF-1  55.71 
 
 		 72 aa  94  5e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01568  translation initiation factor IF-1  55.71 
 
 		 72 aa  94  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1887  translation initiation factor IF-1  55.71 
 
 		 72 aa  94  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000185401  hitchhiker  0.0000121311 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3259  translation initiation factor IF-1  58.57 
 
 		 72 aa  94  6e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.015028  hitchhiker  0.0000000000497253 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3614  translation initiation factor 1  55.71 
 
 		 72 aa  94  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000124653  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1567  translation initiation factor IF-1  55.71 
 
 		 72 aa  94  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000216088  normal  0.728764 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1338  translation initiation factor IF-1  55.71 
 
 		 72 aa  94  6e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0544501  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2698  translation initiation factor IF-1  55.71 
 
 		 72 aa  94  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000441165  normal  0.11278 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>