More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3467 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3467  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  100 
 
 		 299 aa  618  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.836717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2248  glutamine amidotransferase class-II  88.59 
 
 		 301 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280725 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2583  glutamine amidotransferase, class-II protein  85.57 
 
 		 306 aa  531  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0230258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2274  glutamine amidotransferase, class-II  84.9 
 
 		 306 aa  529  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0107042 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1346  glutamine amidotransferase, class-II  68.58 
 
 		 299 aa  434  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1575  glutamine amidotransferase class-II  59.47 
 
 		 316 aa  360  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1656  glutamine amidotransferase class-II  58.8 
 
 		 311 aa  360  2e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.670859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1938  glutamine amidotransferase class-II  58.14 
 
 		 311 aa  355  5e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.210707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4695  glutamine amidotransferase class-II  58.67 
 
 		 299 aa  354  1e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.903048 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1870  putative glutamine amidotransferase  58.19 
 
 		 308 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117624  normal  0.828633 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3291  glutamine amidotransferase class-II  58.39 
 
 		 301 aa  347  1e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1942  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  56.71 
 
 		 297 aa  347  1e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4810  glutamine amidotransferase class-II  59.87 
 
 		 297 aa  347  1e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.917981  hitchhiker  0.00206329 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5638  glutamine amidotransferase class-II  56.38 
 
 		 301 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.52916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6575  glutamine amidotransferase class-II  55.52 
 
 		 302 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0505165 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5749  amidophosphoribosyltransferase  56.38 
 
 		 301 aa  342  5.999999999999999e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6008  glutamine amidotransferase class-II  56.38 
 
 		 301 aa  341  9e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.362161  decreased coverage  0.00354269 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2632  glutamine amidotransferase class-II  55.33 
 
 		 299 aa  340  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1138  glutamine amidotransferase, class-II  58.28 
 
 		 298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.16804 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1699  glutamine amidotransferase class-II  51.34 
 
 		 296 aa  311  7.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0457  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  47.14 
 
 		 298 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.598323  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5919  glutamine amidotransferase class-II  48.33 
 
 		 302 aa  297  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.116128  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0167  glutamine amidotransferase class-II  48.17 
 
 		 302 aa  296  4e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3033  glutamine amidotransferase, class-II  47.51 
 
 		 302 aa  293  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.572778 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2499  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit  47.49 
 
 		 305 aa  281  6.000000000000001e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0705172  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3524  glutamine amidotransferase class-II  46.84 
 
 		 302 aa  278  6e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0234475 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4806  glutamine amidotransferase class-II  46.86 
 
 		 298 aa  274  1.0000000000000001e-72  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1299  glutamine amidotransferase, class-II  44.04 
 
 		 302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0375941  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5510  glutamine amidotransferase, class-II  44.7 
 
 		 302 aa  265  7e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.623211  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5261  glutamine amidotransferase, class-II  42.95 
 
 		 298 aa  262  4.999999999999999e-69  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.228434 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4893  glutamine amidotransferase, class-II  42.95 
 
 		 298 aa  262  6e-69  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4982  glutamine amidotransferase, class-II  42.95 
 
 		 298 aa  262  6e-69  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0230  amidophosphoribosyltransferase  34.73 
 
 		 463 aa  91.3  2e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0884272  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1778  hypothetical protein  33.33 
 
 		 475 aa  90.5  3e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000929805  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1249  amidophosphoribosyltransferase  28.42 
 
 		 488 aa  90.5  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.917797  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2184  amidophosphoribosyltransferase  29.79 
 
 		 487 aa  90.5  3e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3212  amidophosphoribosyltransferase  32.52 
 
 		 463 aa  87.8  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.903412  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1632  amidophosphoribosyltransferase  33.33 
 
 		 469 aa  87.8  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1740  glutamate synthase alpha subunit domain protein  26.35 
 
 		 659 aa  87.4  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.627915  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1389  amidophosphoribosyltransferase  31.93 
 
 		 479 aa  87  3e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.254172  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0007  amidophosphoribosyltransferase  34.57 
 
 		 487 aa  86.7  4e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0731  amidophosphoribosyltransferase  32.39 
 
 		 478 aa  86.3  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3498  amidophosphoribosyltransferase  31.74 
 
 		 477 aa  85.1  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.349457  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0228  amidophosphoribosyltransferase  30.54 
 
 		 478 aa  85.1  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.629689  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1448  amidophosphoribosyltransferase  27.81 
 
 		 474 aa  85.5  0.000000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2047  amidophosphoribosyltransferase  30.73 
 
 		 465 aa  85.1  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.330153 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0334  amidophosphoribosyltransferase  31.55 
 
 		 462 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.708549  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0439  amidophosphoribosyltransferase  31.48 
 
 		 459 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2179  amidophosphoribosyltransferase  32.34 
 
 		 462 aa  84.3  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2822  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  36.57 
 
 		 610 aa  84  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2807  amidophosphoribosyltransferase  33.13 
 
 		 462 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0655  amidophosphoribosyltransferase  33.33 
 
 		 494 aa  82.8  0.000000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2741  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.33 
 
 		 611 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.214537 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0396  amidophosphoribosyltransferase  29.63 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0468  amidophosphoribosyltransferase  30.25 
 
 		 456 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.350158  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22120  amidophosphoribosyltransferase  30.32 
 
 		 480 aa  81.3  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.357347  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1523  amidophosphoribosyltransferase  29.63 
 
 		 459 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0119394  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0292  amidophosphoribosyltransferase  32.45 
 
 		 459 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.95663  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1475  amidophosphoribosyltransferase  32.16 
 
 		 472 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1419  amidophosphoribosyltransferase  31.84 
 
 		 461 aa  79.7  0.00000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0127132  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1130  amidophosphoribosyltransferase  34.97 
 
 		 494 aa  79.7  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1152  amidophosphoribosyltransferase  34.97 
 
 		 494 aa  79.7  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0522  amidophosphoribosyltransferase  29.01 
 
 		 465 aa  79.3  0.00000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2407  amidophosphoribosyltransferase  31.07 
 
 		 487 aa  79  0.00000000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.848054  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2307  amidophosphoribosyltransferase  29.41 
 
 		 467 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0368  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0324  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0282  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0267  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0270  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0295  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.312701  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0327  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4979  amidophosphoribosyltransferase  32.72 
 
 		 471 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00831  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  33.6 
 
 		 610 aa  78.6  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0755  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  35.77 
 
 		 607 aa  78.6  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.255039  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0189  amidophosphoribosyltransferase  29.69 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0276  amidophosphoribosyltransferase  32.1 
 
 		 471 aa  77  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0824  amidophosphoribosyltransferase  29.19 
 
 		 488 aa  77.4  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0227  amidophosphoribosyltransferase  29.69 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0980  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  32.33 
 
 		 599 aa  76.6  0.0000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0260  amidophosphoribosyltransferase  32.45 
 
 		 470 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0039  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  32.33 
 
 		 610 aa  76.6  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2365  amidophosphoribosyltransferase  31.93 
 
 		 474 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0321  amidophosphoribosyltransferase  29.03 
 
 		 461 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0073  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  36.5 
 
 		 609 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.653e-29 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0090  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  36.5 
 
 		 609 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0489544  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0274  amidophosphoribosyltransferase  32.1 
 
 		 471 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0206  amidophosphoribosyltransferase  29.69 
 
 		 445 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1147  amidophosphoribosyltransferase  29.11 
 
 		 478 aa  76.3  0.0000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.218005  normal  0.314166 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0404  amidophosphoribosyltransferase  29.28 
 
 		 488 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305555  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2095  amidophosphoribosyltransferase  32.28 
 
 		 480 aa  75.9  0.0000000000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.778059 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1885  glutamate synthase (NADPH) GltB1 subunit / glutamate synthase (NADPH) GltB3 subunit  26.13 
 
 		 646 aa  75.9  0.0000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.273779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0997  amidophosphoribosyltransferase  27.71 
 
 		 482 aa  75.9  0.0000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.421996  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1196  amidophosphoribosyltransferase  29.78 
 
 		 472 aa  75.9  0.0000000000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0033  amidophosphoribosyltransferase  30.82 
 
 		 497 aa  75.9  0.0000000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1408  amidophosphoribosyltransferase  29.32 
 
 		 446 aa  75.1  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0708  glucosamine/fructose-6-phosphate aminotransferase, isomerizing  37.93 
 
 		 612 aa  75.1  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0309  amidophosphoribosyltransferase  30.3 
 
 		 473 aa  75.5  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0507  glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase  40.62 
 
 		 612 aa  75.1  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00435471 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3044  amidophosphoribosyltransferase  27.32 
 
 		 478 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>