299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0028 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0060  tRNA-Phe  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.456959  normal  0.0307991 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0020  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000000566617  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0005  tRNA-Phe  91.94 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.76685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0028  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122902  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0016  tRNA-Phe  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  90.77 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.394073  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5701  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000879841  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5718  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0157423  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5734  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.086829  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0867  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000520141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00368235  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000144956  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000275824  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000306908  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5573  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26339e-28 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5345  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000017112  hitchhiker  0.00000000000596861 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5712  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0145  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000807799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5805  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00212001  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0084  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000702597  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5739  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000137345  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000451137  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-2  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000296401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0331484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0084  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5020  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00210794  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5651  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000228441  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0072  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00159323  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0149  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133419  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5830  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0216141  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  89.04 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_002950  PGt23  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00153582  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0055  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000546221  normal  0.72027 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0161647  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0086  tRNA-Phe  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0013  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000596059  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0005  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0046  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.300916  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0014  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.0000072957  hitchhiker  0.009028 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0063  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0171  tRNA-Phe  92.45 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0001  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.238457 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  93.88 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0041  tRNA-Phe  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.000000184643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t12  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0141221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0046  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00122164  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0011  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0017  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPhe01  tRNA-Phe  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.542094 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0193  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0260  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2156  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2770  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0191  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.285642  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0250  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1867  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2455  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0023  tRNA-Phe  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0052  tRNA-Phe  89.06 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000909923  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>