More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0057 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  Gs16SA  16S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 1548 bp  1774    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0695234  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs16SB  16S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 1548 bp  1774    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0572203  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SA  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1518 bp  773    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00652559  hitchhiker  0.0000964592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SB  16S ribosomal RNA  85.52 
 
 		 1518 bp  773    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109729  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SC  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1518 bp  769    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0265668  normal  0.0523023 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SD  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 1518 bp  761    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0245595  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SE  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1518 bp  769    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0197165  normal  0.135243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SF  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 1518 bp  761    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.229046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_16SG  16S ribosomal RNA  85.79 
 
 		 1518 bp  761    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0126603 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r03  16S ribosomal RNA  88.4 
 
 		 1491 bp  950    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.048775  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r06  16S ribosomal RNA  88.4 
 
 		 1491 bp  950    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.083169  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr03  16S ribosomal RNA  88.4 
 
 		 1454 bp  950    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA13  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1538 bp  785    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000640223  normal  0.0141696 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA4  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1538 bp  785    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0210262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA52  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1538 bp  783    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00395823  normal  0.412954 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA74  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1538 bp  775    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000835671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA83  16S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 1538 bp  793    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000117688  normal  0.027265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0010  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1491 bp  644    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000216125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0028  16S ribosomal RNA  85.88 
 
 		 1491 bp  644    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0022269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R1  16S ribosomal RNA  85.82 
 
 		 1527 bp  801    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000539443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R12  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1527 bp  785    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000170255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R41  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1527 bp  785    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000365903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R60  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1527 bp  785    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000806455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R81  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1527 bp  785    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000231997  normal  0.0102575 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R94  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1527 bp  785    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000210152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4294  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1464 bp  666    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11503  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4347  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1466 bp  666    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0586197  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4352  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1466 bp  666    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.276662  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0052  16S ribosomal RNA  99.73 
 
 		 1471 bp  2884    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0176979  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0057  16S ribosomal RNA  100 
 
 		 1471 bp  2916    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000162206  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0011  16S ribosomal RNA  92.59 
 
 		 1548 bp  1261    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0046  16S ribosomal RNA  92.7 
 
 		 1548 bp  1289    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000312216  hitchhiker  0.000000195391 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0001  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 		 1519 bp  916    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0020  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 		 1504 bp  916    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0056  16S ribosomal RNA  85.12 
 
 		 1489 bp  916    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0079  16S ribosomal RNA  85.03 
 
 		 1501 bp  908    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0038  16S ribosomal RNA  84.5 
 
 		 1491 bp  684    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000864904  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0045  16S ribosomal RNA  84.5 
 
 		 1491 bp  684    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00346464  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0053  16S ribosomal RNA  84.5 
 
 		 1491 bp  684    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000201354  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0012  16S ribosomal RNA  87.19 
 
 		 1555 bp  866    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000489495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0005  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1555 bp  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000520718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0009  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1555 bp  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000407076  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0053  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 1479 bp  761    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0059  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 1479 bp  761    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0065  16S ribosomal RNA  86.36 
 
 		 1479 bp  761    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.682455  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1495 bp  969    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  85.61 
 
 		 1534 bp  969    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0034  16S ribosomal RNA  85.99 
 
 		 1548 bp  773    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000185236  normal  0.225155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0008  16S ribosomal RNA  85.99 
 
 		 1548 bp  773    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00185105  hitchhiker  0.000712257 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0123  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1555 bp  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0112353  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0115  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1555 bp  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0074  16S ribosomal RNA  85.99 
 
 		 1537 bp  773    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000152418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0021  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1555 bp  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0130  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1555 bp  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0256321  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0048  16S ribosomal RNA  87.22 
 
 		 1484 bp  866    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.285234 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0022  16S ribosomal RNA  85.9 
 
 		 1513 bp  646    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00120724  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0044  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1459 bp  908    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0054  16S ribosomal RNA  87.67 
 
 		 1459 bp  908    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0057  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1460 bp  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.751599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0004  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1532 bp  666    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000674395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0009  16S ribosomal RNA  85.95 
 
 		 1532 bp  666    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0161785  normal  0.0703142 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0017  16S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 1460 bp  722    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.959999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0043  16S ribosomal RNA  87.14 
 
 		 1460 bp  722    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.83573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08570  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1526 bp  720    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0337059  hitchhiker  0.00000000146404 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55637  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1526 bp  720    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00734417  normal  0.40979 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62090  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1526 bp  720    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.116263  normal  0.0197607 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70910  16S ribosomal RNA  85.47 
 
 		 1526 bp  720    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.135781 
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0019  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1550 bp  726    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0079  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1550 bp  726    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.940903  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0168  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1550 bp  726    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0181  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1550 bp  726    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r0409  16S ribosomal RNA  85.37 
 
 		 1550 bp  726    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_r1784  16S ribosomal RNA  85.27 
 
 		 1550 bp  718    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0013  16S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 1555 bp  1292    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000280692  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0051  16S ribosomal RNA  89.39 
 
 		 1555 bp  1292    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000203426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0036  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1460 bp  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.708988  normal  0.0771921 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0104  16S ribosomal RNA  84.01 
 
 		 1557 bp  799    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00262578  normal  0.0215304 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0055  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1460 bp  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0048  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1460 bp  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.211125 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0063  16S ribosomal RNA  86.31 
 
 		 1460 bp  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.29045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0021  16S ribosomal RNA  91.72 
 
 		 1551 bp  1735    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000868141  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0032  16S ribosomal RNA  91.72 
 
 		 1551 bp  1735    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00001675  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0054  16S ribosomal RNA  91.72 
 
 		 1551 bp  1735    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000668462  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0064  16S ribosomal RNA  91.72 
 
 		 1551 bp  1735    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000106886  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0001  16S ribosomal RNA  84.4 
 
 		 1555 bp  846    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000995354  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0050  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1460 bp  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0063  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1460 bp  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0002  16S ribosomal RNA  86.18 
 
 		 1460 bp  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.172959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0033  16S ribosomal RNA  85.55 
 
 		 1538 bp  952    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000378293  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0009  16S ribosomal RNA  85.55 
 
 		 1538 bp  952    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000955328  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1086  16S ribosomal RNA  87.76 
 
 		 1472 bp  902    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0006  16S ribosomal RNA  84.22 
 
 		 1533 bp  852    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000147722  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0016  16S ribosomal RNA  84.3 
 
 		 1533 bp  860    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000272502  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0059  16S ribosomal RNA  84.3 
 
 		 1533 bp  860    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000114912  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0005  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0138974 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0021  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.877724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0028  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.129294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0078  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.202754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0085  16S ribosomal RNA  87.13 
 
 		 1541 bp  710    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.444431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0258  16S ribosomal RNA  87.76 
 
 		 1472 bp  902    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>