47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3722 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3722  signal peptide prediction  100 
 
 		 435 aa  907    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2912  signal peptide prediction  67.96 
 
 		 423 aa  585  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.511961 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01580  signal peptide prediction  68.35 
 
 		 427 aa  580  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1216  signal peptide prediction  59.48 
 
 		 428 aa  533  1e-150  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1002  hypothetical protein  43.04 
 
 		 412 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.290932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5885  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  46.46 
 
 		 405 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.29258  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3931  hypothetical protein  43.78 
 
 		 398 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4197  hypothetical protein  43.01 
 
 		 398 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.982148  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2087  hypothetical protein  44.65 
 
 		 396 aa  335  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0716956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3534  twin-arginine translocation pathway signal  36.08 
 
 		 422 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.393147  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1010  twin-arginine translocation pathway signal  36.36 
 
 		 431 aa  282  7.000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.617003  hitchhiker  0.00435801 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4063  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  35.5 
 
 		 421 aa  282  8.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.797968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3337  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic binding protein  35.25 
 
 		 421 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.874781  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3269  twin-arginine translocation pathway signal  36.52 
 
 		 429 aa  281  2e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2893  putative ABC transporter substrate-binding protein  36.39 
 
 		 429 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0883861 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3636  hypothetical protein  35.63 
 
 		 421 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.101349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6278  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  35.26 
 
 		 429 aa  278  2e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188634  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2658  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  34.56 
 
 		 432 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.915036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2919  putative spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  34.79 
 
 		 432 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0208  twin-arginine translocation pathway signal  34.33 
 
 		 435 aa  274  3e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0825185 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5902  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.97 
 
 		 433 aa  273  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.950335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3374  ABC transporter substrate-binding protein  35.37 
 
 		 415 aa  271  1e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.76232 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5257  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  35.35 
 
 		 431 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.726657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2472  twin-arginine translocation pathway signal  35.97 
 
 		 433 aa  271  1e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1361  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  35.58 
 
 		 431 aa  271  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.721333  normal  0.0486797 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4739  ABC transporter substrate-binding protein  34.76 
 
 		 426 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3943  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34 
 
 		 420 aa  262  8.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.627454  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0101  ABC transporter substrate-binding protein  34.26 
 
 		 427 aa  261  1e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0635162  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1905  putative ABC transporter substrate-binding protein  33.66 
 
 		 421 aa  244  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7129  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  33.83 
 
 		 435 aa  235  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0997  putative substrate-binding component of ABC transporter  28.24 
 
 		 406 aa  158  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.88303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5880  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.11 
 
 		 437 aa  148  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1052  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  25.27 
 
 		 389 aa  74.7  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5836  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  25.13 
 
 		 392 aa  67  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.174731  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1048  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 383 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.357098  normal  0.451266 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5285  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  19.81 
 
 		 360 aa  50.8  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.416451  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3076  extracellular solute-binding protein  22.03 
 
 		 351 aa  50.1  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0574821 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3635  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 358 aa  47.8  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.248377 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4308  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 		 369 aa  46.6  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00256094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1091  extracellular solute-binding protein  20.93 
 
 		 383 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.754568 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 		 355 aa  44.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4236  extracellular solute-binding protein  20.93 
 
 		 383 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2141  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.08 
 
 		 348 aa  44.3  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.315963  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0815  ABC polyamine transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.08 
 
 		 348 aa  44.7  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1486  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  20.54 
 
 		 381 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0980554 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 		 360 aa  43.1  0.008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2128  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 381 aa  43.1  0.009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.205497  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>