More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3872 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3872  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
238 aa  475  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.171228  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4049  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  94.96 
 
 
238 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3519  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.87 
 
 
240 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405389  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5165  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.96 
 
 
232 aa  242  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4835  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.65 
 
 
240 aa  232  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716985  normal  0.137601 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6914  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.51 
 
 
241 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5921  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.07 
 
 
241 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610786  normal  0.165756 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1828  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  50.65 
 
 
240 aa  228  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.300709  normal  0.358336 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5101  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.78 
 
 
240 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0381438  decreased coverage  0.00220155 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4486  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.64 
 
 
232 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.358946  normal  0.0242594 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7240  ABC transporter membrane spanning protein (nopaline)  51.53 
 
 
256 aa  215  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0593694  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5839  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.65 
 
 
240 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6596  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.65 
 
 
240 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.20911 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5750  amino acid ABC transporter permease  50.22 
 
 
240 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
240 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.606867 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5622  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.22 
 
 
240 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.129998  normal  0.660092 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2651  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.09 
 
 
240 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0430594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.41 
 
 
229 aa  178  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.384644  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1257  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.52 
 
 
240 aa  177  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003971  arginine/ornithine ABC transporter permease protein AotQ  37.39 
 
 
246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4137  amino acid ABC transporter, permease protein  39.13 
 
 
237 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5068  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.14 
 
 
240 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.458442  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01551  ABC transporter permease protein  36.25 
 
 
246 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3875  amino acid ABC transporter permease  39.13 
 
 
242 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.426238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2686  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.29 
 
 
228 aa  159  3e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1827  arginine/ornithine ABC transporter, permease protein  38.12 
 
 
229 aa  158  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.883387  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2594  histidine ABC transporter permease HisQ  38.39 
 
 
228 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2582  histidine ABC transporter permease HisQ  38.39 
 
 
228 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.114361 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2703  histidine ABC transporter permease HisQ  38.39 
 
 
228 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2540  histidine ABC transporter permease protein HisQ  38.39 
 
 
228 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.512507  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2494  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  38.39 
 
 
228 aa  158  6e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.174518  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
246 aa  158  9e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3448  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  38.84 
 
 
228 aa  157  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869706  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3570  amino acid ABC transporter permease  37.67 
 
 
229 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.906452  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0297  ABC basic amino acid transporter, inner membrane subunit  39.06 
 
 
244 aa  157  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2464  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  38.84 
 
 
228 aa  156  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.796861  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4291  amino acid ABC transporter permease  37.22 
 
 
229 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2458  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  38.84 
 
 
228 aa  156  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2602  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  38.84 
 
 
228 aa  156  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.311053  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1539  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.73 
 
 
228 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1344  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.84 
 
 
228 aa  156  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.917469  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3309  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.35 
 
 
234 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.825201  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1377  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
229 aa  157  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02233  histidine/lysine/arginine/ornithine transporter subunit  38.84 
 
 
228 aa  156  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1348  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.84 
 
 
228 aa  156  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.120013  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2853  histidine transport system permease protein  37.05 
 
 
229 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02193  hypothetical protein  38.84 
 
 
228 aa  156  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1429  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  39.73 
 
 
228 aa  156  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0521843  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0328  amino acid ABC transporter permease  39.06 
 
 
244 aa  156  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2732  amino acid ABC transporter, permease protein  37.05 
 
 
229 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2791  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  37.05 
 
 
229 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.249098  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0352  histidine transport system permease HisQ  39.73 
 
 
228 aa  156  3e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.179299  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.84 
 
 
229 aa  155  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.369418  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2567  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
229 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.386415  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1959  arginine/ornithine periplasmic binding protein-dependent transporter, inner membrane component  37.08 
 
 
246 aa  154  9e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.450154  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2857  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.05 
 
 
228 aa  152  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.224945  normal  0.227891 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3774  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.22 
 
 
229 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.134573  hitchhiker  0.00153221 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2927  ABC lysine/arginine/ornithine transporter, innermembrane subunit  37.5 
 
 
233 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1153  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.05 
 
 
229 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.176367 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3990  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.22 
 
 
229 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0696  amino acid ABC transporter permease  37.05 
 
 
229 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.156874  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.05 
 
 
229 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2560  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.54 
 
 
230 aa  151  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.645171  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4485  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  37.22 
 
 
229 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1430  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.22 
 
 
229 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0905208  normal  0.971438 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.05 
 
 
229 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2789  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
229 aa  150  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.113989  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2377  ABC His/Glu/Gln/Arg/opine transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
243 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413222  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.05 
 
 
253 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.712414  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2129  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.05 
 
 
260 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.356557  normal  0.354244 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7394  ABC transporter membrane spanning protein  34.75 
 
 
240 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.330237  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2915  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.94 
 
 
229 aa  149  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.149871 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4287  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  36.16 
 
 
229 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26230  histidine transport system permease protein  40.44 
 
 
229 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0832582  normal  0.643473 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3607  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488418  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5464  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.5 
 
 
229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0174  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.61 
 
 
241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.390949 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.73 
 
 
228 aa  145  5e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.462378  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1093  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.67 
 
 
229 aa  144  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436853  normal  0.0653327 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0885  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.71 
 
 
229 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.524811 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4638  amino acid ABC transporter permease  37.05 
 
 
229 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3725  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.05 
 
 
229 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0898326 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1453  amino acid ABC transporter, permease protein  38.75 
 
 
260 aa  143  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000402633  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0953  amino acid ABC transporter, permease protein  36.09 
 
 
240 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.578847  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2782  amino acid ABC transporter permease  38.67 
 
 
238 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0597  amino acid ABC transporter, permease protein  35.65 
 
 
240 aa  143  3e-33  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0884053  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2236  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.65 
 
 
240 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0310  amino acid ABC transporter permease  39.73 
 
 
231 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193986  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1410  histidine ABC transporter, permease protein  37.05 
 
 
229 aa  142  6e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.157931  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
229 aa  141  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1524  amino acid ABC transporter permease  36.24 
 
 
229 aa  141  7e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4913  amino acid ABC transporter permease  41.07 
 
 
231 aa  141  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1247  histidine transport system permease protein  35.27 
 
 
229 aa  141  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.520623  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1094  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  35.27 
 
 
229 aa  141  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1089  histidine ABC transporter, permease protein HisQ  35.27 
 
 
229 aa  141  9e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0592  arginine ABC transporter, permease protein  35.98 
 
 
221 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0258675  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2880  arginine/ornithine transport system permease protein  39.71 
 
 
229 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0976589  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1593  arginine transport system permease protein  35.98 
 
 
221 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.216044  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6394  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.92 
 
 
241 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102283  normal  0.44453 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0889  amino acid ABC transporter, permease protein  35.27 
 
 
229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>