245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1378 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1378  aspartate racemase  100 
 
 		 238 aa  498  1e-140  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.438637  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1778  aspartate racemase  92.86 
 
 		 238 aa  465  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1263  aspartate racemase  66.67 
 
 		 236 aa  326  2.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00631674  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2731  aspartate racemase  62.13 
 
 		 252 aa  309  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0917762  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1090  aspartate racemase  48.02 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4766  aspartate racemase  44.93 
 
 		 244 aa  211  7e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.782175 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2004  aspartate racemase  45.18 
 
 		 237 aa  209  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.272891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4914  aspartate racemase  44.93 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4841  aspartate racemase  44.93 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4912  aspartate racemase  44.49 
 
 		 244 aa  208  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.902486  normal  0.107391 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4865  aspartate racemase  44.49 
 
 		 244 aa  208  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.629158  normal  0.603958 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0308  aspartate racemase  44.55 
 
 		 234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0629  aspartate racemase  41.23 
 
 		 244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.578464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2741  aspartate racemase  39.47 
 
 		 236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3504  aspartate racemase  37.5 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4295  aspartate racemase  36.96 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.467897  normal  0.0102162 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3987  aspartate racemase  36.61 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767014  normal  0.191158 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1720  aspartate racemase  36.16 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.377946  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1302  aspartate racemase  36.32 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00152087  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1405  aspartate racemase  35.04 
 
 		 238 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1731  aspartate racemase  36.56 
 
 		 244 aa  149  4e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0565132  normal  0.107189 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1803  aspartate racemase  36.41 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3003  aspartate racemase  35.78 
 
 		 518 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.145787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4590  aspartate racemase  35.59 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0144088  normal  0.0378027 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5991  aspartate racemase  35.71 
 
 		 233 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.256536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5339  aspartate racemase  35.19 
 
 		 487 aa  142  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302098  normal  0.0375198 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4701  aspartate racemase  34.82 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0254125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6217  aspartate racemase  36.95 
 
 		 484 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1886  aspartate racemase  34.21 
 
 		 242 aa  138  7e-32  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5944  aspartate racemase  36.95 
 
 		 489 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.843392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1511  aspartate racemase  36 
 
 		 230 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.071584  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6736  aspartate racemase  36.49 
 
 		 497 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.973623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4384  aspartate racemase  31.82 
 
 		 241 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3181  aspartate racemase  33.19 
 
 		 220 aa  128  9.000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.405773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1034  aspartate racemase  32.46 
 
 		 232 aa  122  5e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00115826  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5638  aspartate racemase  34.74 
 
 		 499 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.635745  normal  0.372877 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1573  aspartate racemase  33.5 
 
 		 236 aa  118  9.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0521541  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0452  aspartate racemase  33.63 
 
 		 226 aa  112  6e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000396457  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2531  aspartate racemase  31.17 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3108  aspartate racemase  31.6 
 
 		 259 aa  109  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4736  aspartate racemase  32.74 
 
 		 246 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2001  aspartate racemase  31.75 
 
 		 251 aa  106  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.782779 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0374  probable amino-acid racemase  31.49 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4865  aspartate racemase family protein  31.93 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1547  aspartate racemase  30.7 
 
 		 245 aa  99  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2418  aspartate racemase  28.51 
 
 		 254 aa  98.2  9e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.790687  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1048  aspartate racemase  30.26 
 
 		 233 aa  98.2  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.688459  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4583  aspartate racemase  30.93 
 
 		 224 aa  96.7  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4485  aspartate racemase  32.02 
 
 		 224 aa  95.9  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3404  aspartate racemase  28.94 
 
 		 238 aa  95.5  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.568997 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0282  aspartate racemase  30.81 
 
 		 236 aa  93.6  3e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.152976  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4873  probable amino-acid racemase  31.58 
 
 		 224 aa  92.4  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4650  aspartate racemase family protein  30.51 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5005  aspartate racemase family protein  30.51 
 
 		 224 aa  92  7e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1663  aspartate racemase  29.49 
 
 		 254 aa  91.7  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.977225  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4889  probable amino-acid racemase  31.58 
 
 		 224 aa  91.7  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4503  aspartate racemase  30.7 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0465  aspartate racemase  30.38 
 
 		 242 aa  89.4  4e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4895  aspartate racemase family protein  29.66 
 
 		 225 aa  89  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2501  aspartate racemase  26.89 
 
 		 227 aa  88.2  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00208009  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0071  aspartate racemase  29.3 
 
 		 253 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.937931  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3426  aspartate racemase  29.82 
 
 		 238 aa  86.7  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1222  aspartate racemase  27.85 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3053  aspartate racemase  29.13 
 
 		 232 aa  85.1  9e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2663  aspartate racemase family protein  27.75 
 
 		 226 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1766  aspartate racemase  26.37 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0152442  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2459  aspartate racemase family protein  26.32 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0713108  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2639  aspartate racemase family protein  26.32 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2661  aspartate racemase family protein  26.42 
 
 		 226 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.561952  hitchhiker  0.0000201094 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0120  aspartate racemase, putative  29.57 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2706  aspartate racemase family protein  25.84 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2656  aspartate racemase family protein  26.32 
 
 		 226 aa  83.2  0.000000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000254701 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0550  aspartate racemase  33.52 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112794  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2383  aspartate racemase  25.84 
 
 		 226 aa  82  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.135854  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0092  putative aspartate racemase  28.7 
 
 		 231 aa  81.6  0.000000000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2665  aspartate racemase family protein  25.84 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00871532  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0080  aspartate racemase, putative  28.7 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.28039  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2422  aspartate racemase  25.84 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00910723  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1020  aspartate racemase  26.85 
 
 		 238 aa  79.3  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0212  putative aspartate racemase protein  25.35 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.314318 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3120  aspartate racemase family protein  31.91 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.755099  hitchhiker  0.0000148082 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1877  aspartate racemase  25.62 
 
 		 226 aa  75.9  0.0000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211864  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2067  aspartate racemase family protein  27.06 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2223  aspartate racemase family protein  27.06 
 
 		 235 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4003  aspartate racemase  29.58 
 
 		 231 aa  73.9  0.000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000429712  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1732  aspartate racemase  28.05 
 
 		 249 aa  74.3  0.000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000037531  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2007  aspartate racemase  32.62 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.273541  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2251  aspartate racemase family protein  32.62 
 
 		 232 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.85155e-27 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4593  aspartate racemase  27.91 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.243748  normal  0.631 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0870  aspartate racemase  26.67 
 
 		 225 aa  72.4  0.000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0325955  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2506  aspartate racemase  33.33 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0370  aspartate racemase family protein  27.31 
 
 		 231 aa  72  0.000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000827408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1521  aspartate racemase  27.31 
 
 		 231 aa  72  0.000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00121722  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2006  aspartate racemase  31.91 
 
 		 232 aa  72  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.975999  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2886  hypothetical protein  31.55 
 
 		 225 aa  72  0.000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03998  aspartate racemase  28.16 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1412  aspartate racemase family protein  27.23 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193401  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1412  aspartate racemase  27.45 
 
 		 229 aa  70.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3286  putative racemase  26.43 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.989342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2205  aspartate racemase family protein  31.91 
 
 		 230 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>