299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_R0003 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_R0003    100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0003  tRNA-Leu  98.85 
 
 		 87 bp  165  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.426461  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0012  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.145187 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0007  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0003  tRNA-Leu  97.7 
 
 		 87 bp  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA2  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 87 bp  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.839683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0013  tRNA-Leu  95.4 
 
 		 87 bp  141  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.185691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0033  tRNA-Leu  91.95 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.544414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0006  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0015  tRNA-Leu  93.1 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0005  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000679583  normal  0.379222 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0001  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0071  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193194  normal  0.106914 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0098  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0692613  normal  0.384897 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0081  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.491812  normal  0.178181 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0100  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000205949 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0097  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0752348  normal  0.27021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0099  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000201968 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0068  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0072  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 85 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t73  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t74  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 84 bp  87.7  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0035  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0610176  normal  0.497384 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0001  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna19  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.320912  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0003  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.259027 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0049  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0102657  normal  0.539349 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0050  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0025278  normal  0.537231 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0002  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217421  hitchhiker  0.000407536 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0006  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.26401 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0003  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.14318  hitchhiker  0.000405393 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0038  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  79.8  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0019  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0005  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.206331  normal  0.341408 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1024  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00686094  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0006  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.301986  normal  0.331318 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0033  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.9373 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1968  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1814  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0042  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00515288  normal  0.0896861 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2521  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000206835  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0032  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000233164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0082  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367959  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1796  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0107643  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0017  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.192855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0041  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.603186  normal  0.0670034 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna27  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0044  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00489579  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0043  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0955991  normal  0.0560674 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1753  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0142  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162702  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0058  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.031722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0045  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0150342  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0044  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.143319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0045  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0249109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0023  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00937245  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0077  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4332  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0043  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0044  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00713145  normal  0.0447098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0041  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0841981  normal  0.0137689 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0036  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.230012  normal  0.790911 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0025  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0680936  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0043  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00336489  normal  0.0463602 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0028  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0191582  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0029  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00220383  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0030  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00192839  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0043  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.002346  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0045  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481349  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0041  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00498551  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0042  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00146649  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0043  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00579317  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0011  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0057  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0333458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0034  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.947339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0045  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  87.14 
 
 		 98 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 85 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02877  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000533754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03726  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0825956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  97.22 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>