296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0026 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0014  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.873356  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0026  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0039  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 115 bp  143  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0011  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 115 bp  123  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.222869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0279  5S ribosomal RNA  87.72 
 
 		 117 bp  107  6e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000446741  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1911  5S RNA  87.72 
 
 		 117 bp  107  6e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00279415  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0008  5S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.488687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0013  23S ribosomal RNA  94.55 
 
 		 117 bp  85.7  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.607574 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0017  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0111845  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0027  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.905353  unclonable  0.00000755245 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0109  5S ribosomal RNA  87.91 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00459637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0003  5S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.701681  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0009  5S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.10388  hitchhiker  0.000696036 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0021  5S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0054  5S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0130  5S ribosomal RNA  87.78 
 
 		 116 bp  83.8  0.000000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0016  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0354565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0630  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000525893  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0472  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000566634  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3398  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.495724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3468  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.119898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1923  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0302252  normal  0.557773 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 120 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 120 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 120 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 120 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 120 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 120 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  84.48 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc5SA  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0313076  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc5SB  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.729876  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0059  5S ribosomal RNA  85.86 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0007  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.156774  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0029  5S ribosomal RNA  92.73 
 
 		 117 bp  77.8  0.0000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0932548  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0052  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 122 bp  77.8  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.137017  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0099  5S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0795663  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0103  5S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0102  5S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0101  5S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.068415  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0104  5S ribosomal RNA  84.35 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0033867  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0022  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 122 bp  73.8  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0120854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0003  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 122 bp  73.8  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.491574  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0009  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 122 bp  73.8  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0303882  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0018  5S ribosomal RNA  87.65 
 
 		 122 bp  73.8  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00138845  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 116 bp  73.8  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0020  5S ribosomal RNA  86.9 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0048  5S ribosomal RNA  86.9 
 
 		 115 bp  71.9  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46778  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0005  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.39866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0015  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.651632  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0075  5S ribosomal RNA  86.84 
 
 		 116 bp  71.9  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0105  5S ribosomal RNA  83.48 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0106  5S ribosomal RNA  83.48 
 
 		 116 bp  69.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0004  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.843382  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0097  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00001198  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0012  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0101  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0880096  normal  0.361912 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0010  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 127 bp  65.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.504434  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0023  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 124 bp  65.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.425575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0065  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 127 bp  65.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.453414  hitchhiker  0.00940603 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0085  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 124 bp  65.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.930592  normal  0.197567 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0089  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 127 bp  65.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00155653 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0100  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 124 bp  65.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0103475 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0105  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 127 bp  65.9  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0062634  normal  0.140443 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0009  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 115 bp  65.9  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229213  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0038  5S ribosomal RNA  84.95 
 
 		 116 bp  65.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0019  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000123433  hitchhiker  0.00199747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0054  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.38637  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0632  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000577559  normal  0.0755258 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0136  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0154  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000904892 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0019  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0077  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.917168  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0003  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0011  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0017  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0105  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.847383  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0115  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0120  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0125  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0091  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0100  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.390638  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0081  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 132 bp  63.9  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0147  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.139148 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0058  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 115 bp  63.9  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0017  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000137691  hitchhiker  0.00185628 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0003  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0014  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0199784  hitchhiker  0.000422489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0160  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816321  hitchhiker  0.0000000341185 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0163  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000112315  hitchhiker  0.0000000360962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0022  5S ribosomal RNA  84.38 
 
 		 116 bp  63.9  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178956 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4208  5S ribosomal RNA  84.78 
 
 		 120 bp  63.9  0.000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0120342  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0045  5S ribosomal RNA  85.54 
 
 		 118 bp  61.9  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.367607  normal  0.064154 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0013  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.118637  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0007  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 114 bp  61.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00219563  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0007  5S ribosomal RNA  88.14 
 
 		 113 bp  61.9  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.951123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>