297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_R0027 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_R0027  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.905353  unclonable  0.00000755245 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0109  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00459637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0017  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0111845  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0003  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  220  6e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.701681  normal  0.952705 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0021  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  220  6e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0054  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  220  6e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0130  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  220  6e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0009  5S ribosomal RNA  99.1 
 
 		 116 bp  212  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.10388  hitchhiker  0.000696036 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0017a  5S ribosomal RNA  94.44 
 
 		 120 bp  167  8e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0029  5S ribosomal RNA  94.23 
 
 		 115 bp  159  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0045  5S ribosomal RNA  93.4 
 
 		 118 bp  155  2.9999999999999998e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.367607  normal  0.064154 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0011  5S ribosomal RNA  91.89 
 
 		 120 bp  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.410694  normal  0.754666 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r003  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r006  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r009  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r010  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r013  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r016  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r019  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r022  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r025  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0003  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.530292  hitchhiker  0.00148458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0011  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0219912  normal  0.295401 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0018  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000474552 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0075  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0121  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.777724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0130  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.799591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0134  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00025818  hitchhiker  0.00693749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0138  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0141  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0395  hypothetical protein  90.99 
 
 		 129 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000730757  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0003  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.377147  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0011  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00932419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0018  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0024  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000358593  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0028  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.966911 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0075  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0121  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0139  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0142  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 116 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0003  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95198  hitchhiker  0.000000732867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0018  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000011379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0073  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.568148  normal  0.279617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0118  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0128  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.875771 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130a  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000239315  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0132  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000272918  normal  0.0785427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0138  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0141  5S ribosomal RNA  90.99 
 
 		 120 bp  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0114  5S ribosomal RNA  92.78 
 
 		 132 bp  137  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0473719  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0134  5S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 115 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0134181  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0005  5S ribosomal RNA  92.63 
 
 		 121 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0611627 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0115  5S ribosomal RNA  90.09 
 
 		 115 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0109  5S ribosomal RNA  92.63 
 
 		 121 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0102  5S ribosomal RNA  92.63 
 
 		 121 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0313304  normal  0.0786224 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0120  5S ribosomal RNA  92.63 
 
 		 121 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0534587 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0112  5S ribosomal RNA  92.63 
 
 		 121 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0502775  hitchhiker  0.0010565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0011  5S ribosomal RNA  92.63 
 
 		 121 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0378607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0123  5S ribosomal RNA  92.63 
 
 		 121 bp  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719987  normal  0.315089 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0003  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0011  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0144  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.166391  hitchhiker  0.000347328 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0017  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0105  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.847383  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0115  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0120  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0125  5S ribosomal RNA  93.33 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  90.57 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0005  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0009  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0017  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0034  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0061  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.488897 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0089  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0101  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0104  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076366 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0108  5S ribosomal RNA  92.55 
 
 		 116 bp  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SA  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000806285  hitchhiker  0.0000506665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SC  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.176964  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SD  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SE  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.110384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SF  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SG  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0104194 
 
 
-
 
NC_002947  PP_r01  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.732599  hitchhiker  0.0000520516 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0013  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0722167  normal  0.0228217 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0003  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.317777 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0035  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.669342  normal  0.436054 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0060  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 127 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0020  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 116 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.169844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0089  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 		 127 bp  127  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.057146  normal  0.0190343 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  90.38 
 
 		 120 bp  127  7e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>