295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_R0010 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0101  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0880096  normal  0.361912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1923  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0302252  normal  0.557773 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
120 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
120 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
120 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0630  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000525893  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3468  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.119898  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0016  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0354565  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
120 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0472  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000566634  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3398  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.495724  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0038  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
116 bp  222  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
120 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 
120 bp  222  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4208  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
120 bp  220  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0120342  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0099  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0795663  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0104  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0033867  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0102  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0632  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000577559  normal  0.0755258 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0101  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.068415  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0103  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0100  5S ribosomal RNA  98.25 
 
 
116 bp  210  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.390638  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0105  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 
116 bp  204  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0106  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 
116 bp  204  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4120  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3759  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4426  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.548892  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4379  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383552  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4589  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428144  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0283  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.837141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4380  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3589  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.183063  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2851  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4391  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4201  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2869  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.546434  normal  0.503034 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0278  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4285  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0297  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3590  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241226  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4347  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0175431  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4544  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00145539  hitchhiker  0.00000000150257 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4795  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000504809  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2984  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.403782  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3661  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4516  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0252085  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4273  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436378  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0291  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.568392  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4177  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4105  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2767  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.906471  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2872  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3696  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0603495  normal  0.114806 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4469  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000249854  hitchhiker  0.000000000300511 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4318  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4226  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.160304  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4512  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
116 bp  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.121571 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0087  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 
115 bp  194  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0099  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 
115 bp  194  3e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0084  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 
115 bp  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.110227  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0092  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 
115 bp  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0005  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 
115 bp  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0016  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 
115 bp  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0097  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 
115 bp  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0900982  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0023  5S ribosomal RNA  96.49 
 
 
115 bp  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0739935  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00007  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
120 bp  192  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3587  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
116 bp  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.635194  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3588  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
116 bp  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241226  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3984  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
116 bp  192  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3757  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
116 bp  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3659  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
116 bp  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_r01  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
119 bp  192  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0521823  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4782  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
116 bp  192  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00916522  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3567  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
116 bp  192  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.62565  normal  0.929583 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3694  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 
116 bp  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0596681  normal  0.113849 
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00013  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
120 bp  190  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.556754  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00016  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
120 bp  190  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449613  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4109  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4734  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.01834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4504  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0280435  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4465  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.824803  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4325  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.806552  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4913  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.323057  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4807  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4802  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000500877  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4791  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.693479  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5053  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
120 bp  190  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.682071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5007  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
120 bp  190  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0212114  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5074  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
120 bp  190  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0500147  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5084  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
120 bp  190  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.478854  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4783  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0107197  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4236  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00109899  normal  0.176072 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4466  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00400589  hitchhiker  0.00214425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>