295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_R0099 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_R0099  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0795663  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  100 
 
 
120 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  100 
 
 
120 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0102  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0101  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.068415  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  100 
 
 
120 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  100 
 
 
120 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  100 
 
 
120 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  100 
 
 
120 bp  230  6e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3398  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.495724  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0016  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0354565  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0630  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000525893  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0472  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000566634  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1923  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0302252  normal  0.557773 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3468  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  228  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.119898  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  228  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0104  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  226  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0033867  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0103  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  226  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01129  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  99.13 
 
 
116 bp  220  6e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0038  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 
116 bp  212  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0101  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 
116 bp  212  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0880096  normal  0.361912 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4208  5S ribosomal RNA  98.25 
 
 
120 bp  210  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0120342  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0105  5S ribosomal RNA  98.25 
 
 
116 bp  210  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0632  5S ribosomal RNA  98.25 
 
 
116 bp  210  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000577559  normal  0.0755258 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0106  5S ribosomal RNA  98.25 
 
 
116 bp  210  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0100  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 
116 bp  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.390638  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00003  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0784368  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00004  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00008  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00013  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.556754  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00016  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.449613  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00019  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.126012  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00022  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.202347  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5084  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.478854  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5074  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0500147  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5053  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.682071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5007  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0212114  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5095  5S ribosomal RNA  96.55 
 
 
120 bp  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000125825  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5436  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0100439  normal  0.0308704 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0007  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0030  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00223295  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0074  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0110  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0087  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114523  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0016  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4462  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.256702  hitchhiker  0.00629285 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0023  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0739935  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0092  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4325  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.806552  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0219  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0482781  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0116  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00663051  hitchhiker  0.0000514777 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0009  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.262282  normal  0.189005 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4236  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00109899  normal  0.176072 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4109  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3054  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4128  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0828263  normal  0.309773 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0102  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.122437 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4913  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.323057  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4504  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0280435  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4465  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.824803  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4223  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0005  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4761  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4734  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.01834  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5196  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.145549  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4807  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5295  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.380425  normal  0.83717 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4791  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.693479  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4802  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000500877  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4783  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0107197  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0034  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0258342  hitchhiker  0.00258348 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0217  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.558368  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0110  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0386945  hitchhiker  0.00613007 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2741  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.914114 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0127  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0628254  normal  0.0472404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0199  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4419  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000753188  hitchhiker  0.00225378 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3569  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802154  normal  0.927971 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5481  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3826  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.101285  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0084  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.110227  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0097  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
115 bp  196  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0900982  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4595  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.759516  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4466  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 
116 bp  196  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00400589  hitchhiker  0.00214425 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0025  5S ribosomal RNA  96.43 
 
 
115 bp  190  5e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0820717  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5107  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
120 bp  190  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.157756  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5099  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
120 bp  190  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000031918  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4512  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 
116 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.121571 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0087  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 
115 bp  188  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0099  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 
115 bp  188  2e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2869  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 
116 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.546434  normal  0.503034 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0278  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 
116 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3661  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 
116 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4347  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 
116 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0175431  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3696  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 
116 bp  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0603495  normal  0.114806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>