296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tgr7_R0039 on replicon NC_011901
Organism: Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0039  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0011  5S ribosomal RNA  93.04 
 
 		 115 bp  165  3e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.222869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0014  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 115 bp  143  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.873356  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0026  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 115 bp  143  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0008  5S ribosomal RNA  95.45 
 
 		 117 bp  107  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.488687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0013  23S ribosomal RNA  95.45 
 
 		 117 bp  107  6e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.607574 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0059  5S ribosomal RNA  90.36 
 
 		 116 bp  101  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc5SA  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 117 bp  99.6  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0313076  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_Mc5SB  5S ribosomal RNA  93.94 
 
 		 117 bp  99.6  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.729876  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0005  5S ribosomal RNA  89.16 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.39866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0015  5S ribosomal RNA  89.16 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.651632  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0075  5S ribosomal RNA  89.16 
 
 		 116 bp  93.7  9e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0279  5S ribosomal RNA  85.84 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000446741  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1911  5S RNA  85.84 
 
 		 117 bp  91.7  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00279415  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0102  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 116 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.907318  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4196  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 120 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000940838  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0101  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 116 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.068415  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4192  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 120 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00523056  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0099  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 116 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0795663  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4290  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 120 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00943464  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4282  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 120 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000174776  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4262  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 120 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0215297  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4218  5S ribosomal RNA  87.1 
 
 		 120 bp  89.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00106979  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0630  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000525893  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0082  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295466  normal  0.150061 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0131  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0232542  normal  0.0763062 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0013  5S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 114 bp  87.7  6e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.149045  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0007  5S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 114 bp  87.7  6e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00219563  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0019  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0647157  hitchhiker  0.00427171 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0010  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.137185  normal  0.0100238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0106  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0633136  hitchhiker  0.000000553763 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0007  5S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 113 bp  87.7  6e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.951123  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0095  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0491414  hitchhiker  0.003638 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0016  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0354565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0013  5S ribosomal RNA  87.37 
 
 		 113 bp  87.7  6e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.118637  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0472  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000566634  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4300  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0179371  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0020  5S ribosomal RNA  86.46 
 
 		 115 bp  87.7  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0048  5S ribosomal RNA  86.46 
 
 		 115 bp  87.7  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3398  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.495724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3468  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.119898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1923  5S ribosomal RNA  86.96 
 
 		 116 bp  87.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0302252  normal  0.557773 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0103  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0100  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.390638  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55120  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0104  5S ribosomal RNA  86.81 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0033867  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55080  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55090  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr03  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 126 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr06  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 126 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppr07  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 126 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr03  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 126 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplr06  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 126 bp  85.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R16  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.14569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R45  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.161753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R5  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378855  normal  0.842536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R56  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R6  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.305961  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R77  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R90  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000508356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0083  5S ribosomal RNA  87.95 
 
 		 116 bp  85.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55020  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55050  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55150  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 118 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0012  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.34851  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0038  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 120 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.988118  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0070  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0078  5S ribosomal RNA  87.36 
 
 		 115 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0007  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.156774  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0029  5S ribosomal RNA  90.91 
 
 		 117 bp  83.8  0.000000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0932548  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0013  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.843481  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0004  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0280909  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0084  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0100  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0075  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0081  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.874244  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0076  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0031  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.693332  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0094  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0064  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.050836  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0092  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0097  5S ribosomal RNA  86.02 
 
 		 115 bp  81.8  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0038  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0101  5S ribosomal RNA  85.87 
 
 		 116 bp  79.8  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0880096  normal  0.361912 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0010  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.277848  hitchhiker  0.00608512 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0095  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356068  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0052  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.801763 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0105  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0017  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23056  normal  0.0168107 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0106  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SA  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000806285  hitchhiker  0.0000506665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SB  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 120 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000511207 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0632  5S ribosomal RNA  85.71 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000577559  normal  0.0755258 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0008  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.97936 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0076  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0100  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000633708  normal  0.0514054 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0094  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.267932  normal  0.332624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0087  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 116 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.102281  normal  0.68402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0060  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 127 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0089  5S ribosomal RNA  86.21 
 
 		 127 bp  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.057146  normal  0.0190343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>