296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xfasm12_R0007 on replicon NC_010513
Organism: Xylella fastidiosa M12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010513  Xfasm12_R0007  5S ribosomal RNA  100 
 
 
114 bp  226  9e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00219563  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0013  5S ribosomal RNA  100 
 
 
114 bp  226  9e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.149045  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0013  5S ribosomal RNA  100 
 
 
113 bp  222  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.118637  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0007  5S ribosomal RNA  100 
 
 
113 bp  222  9.999999999999999e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.951123  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna48  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 
115 bp  161  5e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0243319  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna55  5S ribosomal RNA  93.81 
 
 
115 bp  161  5e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0884571  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0011  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 
115 bp  141  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.712208  hitchhiker  0.00122523 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0086  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 
115 bp  141  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000919882  normal  0.263092 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0012  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 
115 bp  141  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.702393  hitchhiker  0.00125226 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0006  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 
115 bp  141  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000380355  hitchhiker  0.00390757 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0081  5S ribosomal RNA  91.3 
 
 
115 bp  141  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.258574 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0045  5S ribosomal RNA  91 
 
 
118 bp  111  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.367607  normal  0.064154 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0134  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 
115 bp  103  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0134181  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0115  5S ribosomal RNA  90.62 
 
 
115 bp  103  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0017a  5S ribosomal RNA  90.53 
 
 
120 bp  101  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0007  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
121 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0121  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
120 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.667113  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0003  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0128  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
121 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0015  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
120 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.832778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0003  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
121 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.685817  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0064  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
121 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.648247  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0111  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
121 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0020  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.772681 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0035  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0138  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.571697 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0010  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0725871  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0025  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0138  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0127  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0127  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0119  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0140  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.626199  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0019  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0404714  hitchhiker  0.0000248645 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0026  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0619749 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0009  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0900632  hitchhiker  0.000000917011 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0006  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0012  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0004  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.13622  unclonable  0.0000114116 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0028  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000458962 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0012  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0075039 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0042  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.190599  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0030  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000472199 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0147  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0090  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0152  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.266818 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0017  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0003  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0029  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0023  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0078  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
113 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0594811  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0135  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0035  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
116 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0013  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
121 bp  97.6  6e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.84229  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0069  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.733499  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0024  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0014  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0006  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000035078 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0021  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.973202  normal  0.0141597 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0016  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000743511 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0013  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0102843 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0003  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000245604 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0029  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.862939 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0032  5S ribosomal RNA  91.01 
 
 
115 bp  97.6  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000134368 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0011  5S ribosomal RNA  93.65 
 
 
115 bp  93.7  9e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.222869  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0020  5S ribosomal RNA  89.53 
 
 
115 bp  91.7  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.8682  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0055  5S ribosomal RNA  89.53 
 
 
115 bp  91.7  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533028  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0010  5S ribosomal RNA  89.53 
 
 
115 bp  91.7  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0023  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 
120 bp  89.7  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0109  5S ribosomal RNA  86.73 
 
 
116 bp  89.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00459637  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_R0010  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 
115 bp  89.7  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0593953  hitchhiker  0.000000939514 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0011  5S ribosomal RNA  89.89 
 
 
120 bp  89.7  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.410694  normal  0.754666 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0017  5S ribosomal RNA  86.73 
 
 
116 bp  89.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0111845  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0027  5S ribosomal RNA  86.73 
 
 
116 bp  89.7  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.905353  unclonable  0.00000755245 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0038  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0039  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
117 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0048  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147764  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0054  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0344  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0350  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0561  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0567  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1612  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3902  5S ribosomal RNA  90.28 
 
 
119 bp  87.7  6e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0115  5S ribosomal RNA  88 
 
 
116 bp  87.7  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0125  5S ribosomal RNA  88 
 
 
116 bp  87.7  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0003  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.652452  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0008  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190694  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0015  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0029  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000608653  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0032  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.132441  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0065  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.916565  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0119  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0124  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000577919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0131  5S ribosomal RNA  88 
 
 
122 bp  87.7  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.771786  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0039  5S ribosomal RNA  87.37 
 
 
115 bp  87.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0160  5S ribosomal RNA  89.01 
 
 
116 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816321  hitchhiker  0.0000000341185 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0163  5S ribosomal RNA  89.01 
 
 
116 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000112315  hitchhiker  0.0000000360962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0154  5S ribosomal RNA  89.01 
 
 
116 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000904892 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0120  5S ribosomal RNA  89.01 
 
 
121 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0534587 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>