299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_R45 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_R16  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.14569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R45  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.161753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R5  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.378855  normal  0.842536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R56  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R6  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.305961  normal  0.845216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R77  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R90  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 115 bp  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000508356  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SA  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 120 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000806285  hitchhiker  0.0000506665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SB  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 120 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000511207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SC  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 120 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.176964  normal  0.036827 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SD  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 120 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SE  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 120 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.110384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SF  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 120 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5SG  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 120 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0104194 
 
 
-
 
NC_002947  PP_r01  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 120 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.732599  hitchhiker  0.0000520516 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0089  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 127 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.057146  normal  0.0190343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0060  5S ribosomal RNA  98.26 
 
 		 127 bp  212  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.852152 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0093  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000805148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0003  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.317777 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0052  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.801763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0100  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000633708  normal  0.0514054 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0008  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.97936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0003  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000118711  normal  0.523359 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0076  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.322274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0016  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0013  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0722167  normal  0.0228217 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0035  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.669342  normal  0.436054 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0020  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.169844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0004  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.221471 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0095  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.356068  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0087  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.102281  normal  0.68402 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0094  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.267932  normal  0.332624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0010  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.277848  hitchhiker  0.00608512 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0009  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0017  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23056  normal  0.0168107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0025  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00433605 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0088  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0062  5S ribosomal RNA  98.23 
 
 		 116 bp  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55050  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 118 bp  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA17  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 115 bp  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0237431 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA48  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 115 bp  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.929438  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA70  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 115 bp  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA79  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 115 bp  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0223502 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA8  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 115 bp  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55150  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 118 bp  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55120  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 118 bp  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55020  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 118 bp  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55090  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 118 bp  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_55080  5S ribosomal RNA  97.39 
 
 		 118 bp  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0038  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.988118  normal  0.154283 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r03  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r06  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r09  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r10  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0337949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA78  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 115 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0234553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4842  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0815  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6149  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.989968  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5399  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0966302  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08610  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 132 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000402546 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55620  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 132 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.431806 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62050  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 132 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70870  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 132 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0012  5S ribosomal RNA  96.52 
 
 		 120 bp  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.34851  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0078  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 115 bp  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0070  5S ribosomal RNA  96.46 
 
 		 115 bp  192  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865708  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r13  5S ribosomal RNA  95.65 
 
 		 120 bp  188  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0015  5S ribosomal RNA  95.5 
 
 		 115 bp  172  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00630184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0041  5S ribosomal RNA  95.5 
 
 		 115 bp  172  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.190843 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0115  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 		 116 bp  137  7.000000000000001e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0125  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 		 116 bp  137  7.000000000000001e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2069a  5S ribosomal RNA  91.43 
 
 		 124 bp  137  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0020  5S ribosomal RNA  91.92 
 
 		 115 bp  133  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0048  5S ribosomal RNA  91.92 
 
 		 115 bp  133  1.0000000000000001e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0003  5S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0011  5S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0017  5S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0105  5S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.847383  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0120  5S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0122  5S ribosomal RNA  91.09 
 
 		 122 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000639124  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0003  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0121  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 120 bp  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.667113  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0003  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 115 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0006  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 115 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0012  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 115 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0017  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0010  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0725871  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0015  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 120 bp  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.832778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0111  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 121 bp  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0147  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 115 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0152  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 115 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.266818 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0064  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 121 bp  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.648247  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0069  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 115 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.733499  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0128  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 121 bp  127  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0025  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0035  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0029  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0127  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0138  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0135  5S ribosomal RNA  91.67 
 
 		 116 bp  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>