296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_R0147 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_R0081  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 132 bp  230  6e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0160  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816321  hitchhiker  0.0000000341185 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0163  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000112315  hitchhiker  0.0000000360962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0054  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.38637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0003  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0014  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0199784  hitchhiker  0.000422489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0017  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000137691  hitchhiker  0.00185628 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0022  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00178956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0019  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000123433  hitchhiker  0.00199747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0147  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.139148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0136  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131567 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0154  5S ribosomal RNA  100 
 
 		 116 bp  230  6e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000904892 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0112  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 121 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0502775  hitchhiker  0.0010565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0102  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 121 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0313304  normal  0.0786224 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0011  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 121 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0378607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0109  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 121 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0005  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 121 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0611627 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0123  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 121 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719987  normal  0.315089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0120  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 121 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0534587 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0009  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0006  5S ribosomal RNA  99.14 
 
 		 116 bp  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.166515  hitchhiker  0.0000000146471 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0114  5S ribosomal RNA  99.12 
 
 		 132 bp  218  2e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0473719  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0144  5S ribosomal RNA  99.1 
 
 		 116 bp  212  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.166391  hitchhiker  0.000347328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0009  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0141  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0130  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.360206  hitchhiker  0.00734042 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0003  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.130665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0095  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0012  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.486509 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0151  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.325051 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0146  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.163233  hitchhiker  0.000349999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0163  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0157  5S ribosomal RNA  97.37 
 
 		 115 bp  202  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.884697  normal  0.0459109 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0011  5S ribosomal RNA  98.99 
 
 		 120 bp  188  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.410694  normal  0.754666 
 
 
-
 
NC_004347  SO_r003  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r006  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r009  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r010  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r013  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r016  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r019  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r022  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r025  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0003  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.530292  hitchhiker  0.00148458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0011  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0219912  normal  0.295401 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0018  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000474552 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0075  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0121  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.777724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0130  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.799591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0134  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00025818  hitchhiker  0.00693749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0138  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0141  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0395  hypothetical protein  98.98 
 
 		 129 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000730757  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0003  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.377147  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0011  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00932419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0018  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0024  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000358593  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0028  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.966911 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0075  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0121  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0139  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0142  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 116 bp  186  8e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0003  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.95198  hitchhiker  0.000000732867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0018  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000011379 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0073  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.568148  normal  0.279617 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0118  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0128  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.875771 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130a  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000239315  normal  0.0771518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0132  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000272918  normal  0.0785427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0138  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0141  5S ribosomal RNA  98.98 
 
 		 120 bp  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0128  5S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 121 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0003  5S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 121 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.685817  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0121  5S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 120 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.667113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0111  5S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 121 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0013  5S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 121 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.84229  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0015  5S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 120 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.832778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0007  5S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 121 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0064  5S ribosomal RNA  97.96 
 
 		 121 bp  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.648247  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0023  5S ribosomal RNA  96.94 
 
 		 120 bp  170  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0003  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000111098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0006  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0011  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0018  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.156618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0023  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0021  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0031  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.897464  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0162  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0178  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0172  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0088  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 		 116 bp  167  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0115  5S ribosomal RNA  95.96 
 
 		 115 bp  165  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0134  5S ribosomal RNA  95.96 
 
 		 115 bp  165  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0134181  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0127  5S ribosomal RNA  95.92 
 
 		 116 bp  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0035  5S ribosomal RNA  95.92 
 
 		 116 bp  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0135  5S ribosomal RNA  95.92 
 
 		 116 bp  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0078  5S ribosomal RNA  95.92 
 
 		 113 bp  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0594811  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0138  5S ribosomal RNA  95.92 
 
 		 116 bp  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0025  5S ribosomal RNA  95.92 
 
 		 116 bp  163  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0127  5S ribosomal RNA  95.92 
 
 		 115 bp  163  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>