297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_R0172 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_R0006  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0023  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0162  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0011  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0003  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000111098  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0031  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.897464  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0178  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0172  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0088  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0021  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0018  5S ribosomal RNA  100 
 
 
116 bp  230  6e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.156618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0039  5S ribosomal RNA  98.28 
 
 
116 bp  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0003  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0011  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0017  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0105  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.847383  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0120  5S ribosomal RNA  95.69 
 
 
116 bp  190  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0013  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
116 bp  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0048  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
116 bp  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0115  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
116 bp  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0125  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
116 bp  182  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0003  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.652452  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0008  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.190694  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0015  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0029  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000608653  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0032  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.132441  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0065  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.916565  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0119  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0124  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000577919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0131  5S ribosomal RNA  94.83 
 
 
122 bp  182  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.771786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0122  5S ribosomal RNA  93.97 
 
 
122 bp  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000639124  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0003  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0054  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.38637  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0014  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0199784  hitchhiker  0.000422489 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0147  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.139148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0163  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000112315  hitchhiker  0.0000000360962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0160  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00816321  hitchhiker  0.0000000341185 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0154  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000904892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0017  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000137691  hitchhiker  0.00185628 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0019  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000123433  hitchhiker  0.00199747 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0022  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178956 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0136  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
116 bp  167  8e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131567 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0081  5S ribosomal RNA  93.1 
 
 
132 bp  167  8e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0112  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
121 bp  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0502775  hitchhiker  0.0010565 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0120  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
121 bp  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0534587 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0123  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
121 bp  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.719987  normal  0.315089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0006  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
116 bp  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.166515  hitchhiker  0.0000000146471 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0005  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
121 bp  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0611627 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0102  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
121 bp  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0313304  normal  0.0786224 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0009  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
116 bp  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.845766  hitchhiker  0.000000221219 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0109  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
121 bp  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0125839 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0011  5S ribosomal RNA  92.24 
 
 
121 bp  159  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0378607 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0114  5S ribosomal RNA  92.11 
 
 
132 bp  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0473719  hitchhiker  0.000221991 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0144  5S ribosomal RNA  91.89 
 
 
116 bp  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.166391  hitchhiker  0.000347328 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0157  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.884697  normal  0.0459109 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0012  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.486509 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0163  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0009  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0130  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.360206  hitchhiker  0.00734042 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0095  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0003  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.130665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0141  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0893526 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0151  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.325051 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0146  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.163233  hitchhiker  0.000349999 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0029  5S ribosomal RNA  90.35 
 
 
115 bp  139  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0108  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 
116 bp  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0034  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 
116 bp  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0017  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 
116 bp  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0089  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 
116 bp  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0009  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 
116 bp  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0104  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 
116 bp  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076366 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0101  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 
116 bp  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0005  5S ribosomal RNA  92.08 
 
 
116 bp  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3096r  5S ribosomal RNA  92.78 
 
 
121 bp  137  7.000000000000001e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0045  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
118 bp  135  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.367607  normal  0.064154 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0015  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
120 bp  135  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.832778  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0013  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
121 bp  135  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.84229  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0003  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
121 bp  135  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.685817  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0007  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
121 bp  135  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0064  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
121 bp  135  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.648247  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0111  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
121 bp  135  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0121  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
120 bp  135  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.667113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0128  5S ribosomal RNA  93.48 
 
 
121 bp  135  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0061  5S ribosomal RNA  91.09 
 
 
116 bp  129  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.488897 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0115  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 
115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0022  5S ribosomal RNA  95.06 
 
 
122 bp  129  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0120854  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0134  5S ribosomal RNA  92.47 
 
 
115 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0134181  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0011  5S ribosomal RNA  94.12 
 
 
120 bp  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.410694  normal  0.754666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0003  5S ribosomal RNA  92.39 
 
 
115 bp  127  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r003  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
120 bp  127  7e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0121  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.777724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0130  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.799591 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0134  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00025818  hitchhiker  0.00693749 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0138  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0141  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0395  hypothetical protein  94.05 
 
 
129 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000730757  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0003  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.377147  hitchhiker  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0011  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00932419 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0018  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.374169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0024  5S ribosomal RNA  94.05 
 
 
116 bp  127  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000358593  normal  0.0497188 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>