20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3576 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3576  transcription activator, effector binding  100 
 
 		 242 aa  485  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2777  transcription activator, effector binding  82.64 
 
 		 242 aa  328  6e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0772774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0216  transcription activator, effector binding  59.29 
 
 		 252 aa  260  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.05327  hitchhiker  0.00731322 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0250  transcription activator effector binding  54.48 
 
 		 260 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.495724  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0371  hypothetical protein  73.55 
 
 		 240 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.548098  normal  0.611025 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0513  transcription activator, effector binding  65.59 
 
 		 268 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.482512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0358  transcription activator, effector binding  70.25 
 
 		 243 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.923721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0182  transcription activator effector binding  42.57 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3657  transcription activator effector binding  41.89 
 
 		 259 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217912  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0410  transcription activator effector binding  43.92 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122194  normal  0.857811 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3021  transcription activator effector binding  32.26 
 
 		 219 aa  123  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2841  transcription activator effector binding  35.6 
 
 		 249 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.491142  normal  0.203894 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5334  transcription activator effector binding  36.36 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.313635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1851  transcription activator effector binding  36.65 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.493771 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2719  transcription activator effector binding  33.05 
 
 		 257 aa  105  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2946  transcription activator effector binding  34.93 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  hitchhiker  0.00143394 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2087  transcription activator effector binding  27.91 
 
 		 166 aa  48.5  0.00009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000102768 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001595  hypothetical protein  25.86 
 
 		 309 aa  47.4  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00208101  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1237  transcription activator, effector binding  24 
 
 		 267 aa  43.1  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0318  transcription activator effector binding  26.4 
 
 		 157 aa  41.6  0.01  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.289482 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>