More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlg_R0017 on replicon NC_008340
Organism: Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  95.89 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  96.97 
 
 
73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  96.97 
 
 
73 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0067  tRNA-Thr  94.52 
 
 
76 bp  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.689375  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  94.37 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  94.37 
 
 
76 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  93.15 
 
 
76 bp  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  92.96 
 
 
76 bp  101  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  96.55 
 
 
73 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0016  tRNA-Thr  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.35256e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  91.78 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0015  tRNA-Thr  95 
 
 
73 bp  95.6  1e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146334  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0035  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0436953  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0054  tRNA-Thr  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000041401  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  90.41 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00332161  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0045  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0775671  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0045  tRNA-Thr  96.15 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr01  tRNA-Thr  94.64 
 
 
79 bp  87.7  3e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000642788  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0003  tRNA-Thr  96 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00291494  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0008  tRNA-Thr  90.41 
 
 
75 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000961846  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0008  tRNA-Thr  89.04 
 
 
73 bp  81.8  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000079978  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0026  tRNA-Thr  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000120513  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0042  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011183  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0043  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011951  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t004  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811739  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0130  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000480729  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t008  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000937466  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0124  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133621  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000541259  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000257752  normal  0.024275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000756567  hitchhiker  0.00969138 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000294168  normal  0.0837368 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0032  tRNA-Thr  96 
 
 
72 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.387211 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0018  tRNA-Thr  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00077  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000431752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0091  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.13219e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2802  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000503689  normal  0.100014 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0014  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000357359  normal  0.0207901 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4477  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000501815  hitchhiker  0.00000000000000791993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0026  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4387  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4474  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000220241 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0106  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000701517  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0008  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000537274  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0007  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.22668  hitchhiker  0.0000658151 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4427  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000793255  hitchhiker  0.0000458064 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0008  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000148165  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0065  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337548 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4551  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000130381 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4286  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21666e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5444  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000119489  hitchhiker  0.00131782 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0006  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000288516  hitchhiker  0.0000067546 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0037  tRNA-Thr  97.78 
 
 
72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  0.113649 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0004  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.166563  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4696  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.54682e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0028  tRNA-Thr  97.78 
 
 
72 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4720  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.2702999999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0008  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000889632  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5103  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000647348  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0081  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000871845  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0310  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  hitchhiker  0.00278593  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0088  tRNA-Thr  97.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00198921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4355  tRNA-Thr  97.56 
 
 
78 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000300865  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  87.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0057  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0038  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000920806  hitchhiker  0.00000030744 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0025  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.821281  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00059  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0008  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4781  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0140933  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0074  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0094  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.115915  hitchhiker  0.00356557 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3695  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0596681  normal  0.112328 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3758  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4594  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.559283  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4702  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00885482  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0084  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.193841 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4025  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3589  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.236614  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3588  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.25198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0631  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000484892  normal  0.0738312 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3568  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.607966  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0006  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.388884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0075  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000445566  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0075  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192269  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0024  tRNA-Thr  97.44 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0720012  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3660  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4207  tRNA-Thr  97.44 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0107638  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>