85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_02138 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_02138  glycine cleavage system transcriptional repressor  100 
 
 		 187 aa  390  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.11679  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2479  glycine cleavage system transcriptional repressor  50.88 
 
 		 175 aa  174  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.204447  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  38.37 
 
 		 176 aa  125  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  36.26 
 
 		 175 aa  124  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  38.15 
 
 		 178 aa  122  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  38.51 
 
 		 178 aa  122  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  41.71 
 
 		 180 aa  121  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  36.81 
 
 		 184 aa  121  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  35.84 
 
 		 178 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  38.89 
 
 		 179 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  36.81 
 
 		 183 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  36.71 
 
 		 183 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  37.25 
 
 		 179 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  35.67 
 
 		 183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  35.67 
 
 		 183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  36.08 
 
 		 183 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  35.67 
 
 		 183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  36.08 
 
 		 183 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  36.08 
 
 		 183 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  35.67 
 
 		 183 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  36.63 
 
 		 180 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  33.53 
 
 		 175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.47 
 
 		 180 aa  107  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.29 
 
 		 186 aa  97.8  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.76 
 
 		 228 aa  97.4  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  32.94 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  32.94 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  32.94 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  32.94 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  32.94 
 
 		 190 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.18 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.18 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.18 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.18 
 
 		 212 aa  90.5  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  31.18 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.18 
 
 		 212 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.18 
 
 		 212 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  31.18 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  31.18 
 
 		 190 aa  90.9  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.14 
 
 		 177 aa  89.4  2e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  30 
 
 		 189 aa  89.4  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  30 
 
 		 204 aa  89  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  30 
 
 		 204 aa  89  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  31.18 
 
 		 189 aa  88.2  7e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.19 
 
 		 183 aa  86.3  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  30 
 
 		 204 aa  82.4  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.4 
 
 		 183 aa  82  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.99 
 
 		 175 aa  82  0.000000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.4 
 
 		 183 aa  80.5  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  24.71 
 
 		 184 aa  77  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  26.45 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  24.7 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0639  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.86 
 
 		 207 aa  62.8  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000239105  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1510  amino acid-binding ACT domain protein  21.08 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0143098  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.43 
 
 		 175 aa  59.3  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3976  glycine cleavage system transcriptional repressor  21.14 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1662  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  20 
 
 		 185 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1236  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  21.14 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4182  glycine cleavage system transcriptional repressor  21.14 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51280  hypothetical protein  21.67 
 
 		 185 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000412159 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1898  transcriptional regulator  22 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1837  glycine cleavage system transcriptional repressor  22 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.412104  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1266  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  21.14 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.747511 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00127  glycine cleavage system transcriptional repressor  23.08 
 
 		 159 aa  56.2  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0355979  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4388  hypothetical protein  20.56 
 
 		 185 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1370  glycine cleavage system transcriptional repressor  20 
 
 		 186 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.595019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1017  ACT domain-containing protein  41.1 
 
 		 95 aa  52  0.000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.890596  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35350  Transcriptional repressor glycine cleavage system-like protein  19.61 
 
 		 165 aa  50.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1547  glycine cleavage system transcriptional repressor  19.43 
 
 		 187 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3954  hypothetical protein  19.43 
 
 		 187 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.48734  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  26.4 
 
 		 185 aa  47.8  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  23.64 
 
 		 385 aa  47  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1499  ACT domain-containing protein  36.23 
 
 		 90 aa  47  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0612  hypothetical protein  33.82 
 
 		 92 aa  45.8  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.287518  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0479  ACT domain-containing protein  29.31 
 
 		 183 aa  45.1  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.219232 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  21.79 
 
 		 181 aa  45.1  0.0006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1378  hypothetical protein  43.48 
 
 		 93 aa  43.9  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000129759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05450  hypothetical protein  36.54 
 
 		 90 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.670978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0944  hypothetical protein  36.73 
 
 		 90 aa  43.5  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0122  ACT domain-containing protein  45.45 
 
 		 89 aa  42.7  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  27.83 
 
 		 189 aa  42.4  0.004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0587  hypothetical protein  33.96 
 
 		 90 aa  42.4  0.004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2949  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.83 
 
 		 183 aa  42  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.582988 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1181  hypothetical protein  35.29 
 
 		 92 aa  41.2  0.009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.254415  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  21.55 
 
 		 173 aa  40.8  0.01  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>