23 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2856 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2856  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 157 aa  319  9.999999999999999e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.346504  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3446  Cupin 2 conserved barrel domain protein  42.95 
 
 		 157 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0721  cupin 2, barrel  39.46 
 
 		 161 aa  111  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.945572  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3547  cupin region  37.9 
 
 		 156 aa  89.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0815516  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1170  hypothetical protein  37.42 
 
 		 161 aa  86.7  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0272  cupin region  34.68 
 
 		 156 aa  84.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3937  cupin region  38.66 
 
 		 167 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.674346  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3382  conserved hypothetical signal peptide protein  38.21 
 
 		 163 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3035  putative signal peptide protein  38.21 
 
 		 163 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1520  cupin region  30.46 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.181654  normal  0.367845 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3099  putative signal peptide protein  37.82 
 
 		 162 aa  77.4  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0322  cupin 2 domain-containing protein  35.34 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0932  cupin 2 conserved barrel domain protein  36.52 
 
 		 162 aa  73.2  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0562  cupin 2, barrel  33.33 
 
 		 162 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.988265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2078  hypothetical protein  36.91 
 
 		 158 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.936672 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0092  hypothetical protein  32.84 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0310  putative signal peptide protein  28.47 
 
 		 159 aa  64.7  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0170158  normal  0.139977 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0147  hypothetical protein  34.44 
 
 		 157 aa  58.9  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.820843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1663  cupin 2, barrel  31.36 
 
 		 159 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.19 
 
 		 214 aa  45.4  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1816  cupin 2, conserved barrel  30.84 
 
 		 158 aa  42.4  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.410832  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2659  hypothetical protein  30.91 
 
 		 161 aa  40.4  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10183  hypothetical protein  29.59 
 
 		 279 aa  40.4  0.01  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>