75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0664 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3654  polysulphide reductase-like protein  74.83 
 
 		 465 aa  673    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.731183  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0677  polysulphide reductase-like protein  96.67 
 
 		 451 aa  888    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.56556e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0664  polysulphide reductase-like protein  100 
 
 		 451 aa  915    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1704  polysulphide reductase-like protein  65.44 
 
 		 443 aa  568  1e-161  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.990037  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1957  Polysulphide reductase NrfD  39.64 
 
 		 403 aa  284  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0356047  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2596  Polysulphide reductase NrfD  40.43 
 
 		 388 aa  276  7e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2407  polysulphide reductase, NrfD  40 
 
 		 388 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385052 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1872  Polysulphide reductase NrfD  39.64 
 
 		 403 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2006  polysulphide reductase, NrfD  39.38 
 
 		 403 aa  273  5.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0651  hmc operon protein 3  39.48 
 
 		 389 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.958991  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1801  polysulphide reductase NrfD  36.8 
 
 		 408 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2252  polysulphide reductase NrfD  37.56 
 
 		 402 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.38952  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0875  Polysulphide reductase NrfD  38.46 
 
 		 402 aa  262  1e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.946275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0570  Polysulphide reductase NrfD  37.97 
 
 		 389 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2040  Polysulphide reductase NrfD  38.22 
 
 		 404 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.918159  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1957  Polysulphide reductase NrfD  32.6 
 
 		 403 aa  156  8e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2265  Polysulphide reductase NrfD  32.57 
 
 		 403 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1061  polysulphide reductase, NrfD  29.28 
 
 		 401 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.079733 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0779  formate dehydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  29.33 
 
 		 401 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2602  polysulphide reductase, NrfD  29.47 
 
 		 398 aa  145  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3386  polysulphide reductase, NrfD  32.1 
 
 		 403 aa  144  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2943  polysulphide reductase, NrfD  30.11 
 
 		 394 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.486448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0292  Polysulphide reductase NrfD  27.86 
 
 		 396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.468469  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0170  Polysulphide reductase NrfD  28.27 
 
 		 378 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1198  Polysulphide reductase NrfD  28.85 
 
 		 400 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4619  Polysulphide reductase NrfD  29.85 
 
 		 416 aa  126  9e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  27.86 
 
 		 729 aa  124  5e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_002936  DET0186  formate dehydrogenase, membrane subunit, putative  28.94 
 
 		 403 aa  120  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3042  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.32 
 
 		 744 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0166  polysulphide reductase, NrfD  28.49 
 
 		 403 aa  119  9.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.391929  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3496  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  25.67 
 
 		 392 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.426978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3321  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  25.67 
 
 		 392 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.437559  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3330  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  25.67 
 
 		 392 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.353265  normal  0.837141 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3395  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  25.67 
 
 		 392 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3401  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  25.67 
 
 		 392 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3464  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  26.01 
 
 		 392 aa  117  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3422  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  26.01 
 
 		 392 aa  117  5e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4307  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  26.01 
 
 		 392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02820  hypothetical protein  26.01 
 
 		 392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0701  Polysulphide reductase NrfD  26.01 
 
 		 392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3281  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  26.01 
 
 		 392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0698  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  26.01 
 
 		 392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02871  predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component  26.01 
 
 		 392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3175  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  26.01 
 
 		 392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_175  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase membrane subunit  27.61 
 
 		 403 aa  116  7.999999999999999e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.100817  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0461  putative hydrogenase cytochrome b subunit  27.03 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1116  polysulphide reductase, NrfD  29.06 
 
 		 386 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1412  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  25.9 
 
 		 399 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0160  polysulphide reductase, NrfD  27.17 
 
 		 402 aa  103  6e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1578  putative hydrogenase cytochrome b subunit  26.45 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.534156  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2532  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  24.87 
 
 		 399 aa  102  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.346938  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4090  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  25.07 
 
 		 388 aa  97.4  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194025  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1044  putative hydrogenase cytochrome b subunit  25.95 
 
 		 401 aa  95.5  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3972  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  23.12 
 
 		 386 aa  95.5  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.46 
 
 		 731 aa  93.6  6e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2087  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  26.91 
 
 		 731 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1869  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.29 
 
 		 731 aa  90.9  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.856186  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3524  polysulphide reductase NrfD  27.09 
 
 		 401 aa  90.5  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.902311  normal  0.369035 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2504  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  21.81 
 
 		 382 aa  89  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130941 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2236  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  24.31 
 
 		 414 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.263965 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1984  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  24.06 
 
 		 414 aa  80.5  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00764136  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3521  polysulphide reductase NrfD  29.72 
 
 		 405 aa  80.1  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.538127  normal  0.625626 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0512  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  21.17 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0507  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  20.92 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0146  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  23.2 
 
 		 421 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0479  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  21.17 
 
 		 415 aa  76.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.304039  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1945  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  24.29 
 
 		 438 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3137  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  22.85 
 
 		 446 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1125  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  23.19 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0524  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  25.27 
 
 		 416 aa  72  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.920848  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0784  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  24.54 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4239  nickel-dependent hydrogenase, membrane protein  30.2 
 
 		 443 aa  60.5  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.442151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2549  polysulphide reductase NrfD  24.94 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0273  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  24.87 
 
 		 409 aa  52.4  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  24.45 
 
 		 348 aa  50.8  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>