161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_1962 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_1962  50S ribosomal protein L28  100 
 
 		 61 aa  121  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1072  50S ribosomal protein L28  91.8 
 
 		 61 aa  115  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.851187  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0790  50S ribosomal protein L28  77.97 
 
 		 62 aa  97.1  7e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0768  50S ribosomal protein L28  80 
 
 		 61 aa  95.9  2e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000091282  hitchhiker  0.0000000104587 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1283  50S ribosomal protein L28  76.27 
 
 		 62 aa  95.9  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000317964  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1308  50S ribosomal protein L28  76.27 
 
 		 62 aa  95.9  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00516129  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1165  50S ribosomal protein L28  73.77 
 
 		 61 aa  93.6  8e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000103471  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0129  50S ribosomal protein L28  70.97 
 
 		 62 aa  90.1  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00000311049  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3957  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000128459  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3900  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000717977  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3709  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000896689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3599  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  6.4416900000000005e-24  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3617  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000996715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3996  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359454  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3906  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000888807  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1286  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000599007  hitchhiker  0.0000083771 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3872  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.02177e-31 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3681  50S ribosomal protein L28  70.69 
 
 		 62 aa  86.7  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000000422349  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1936  50S ribosomal protein L28  67.74 
 
 		 62 aa  85.5  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000000140829  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2510  50S ribosomal protein L28  68.97 
 
 		 62 aa  84.3  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000427235  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1883  50S ribosomal protein L28  51.67 
 
 		 62 aa  71.6  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1506  50S ribosomal protein L28  57.89 
 
 		 66 aa  70.1  0.000000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0291725  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0861  50S ribosomal protein L28  54.1 
 
 		 63 aa  68.6  0.00000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.582934  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0920  50S ribosomal protein L28P  50 
 
 		 62 aa  67  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1368  50S ribosomal protein L28P  57.38 
 
 		 71 aa  66.6  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.266666  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0757  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 62 aa  66.2  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.744153  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0446  50S ribosomal protein L28  51.52 
 
 		 66 aa  65.1  0.0000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000127981  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1978  ribosomal protein L28  51.72 
 
 		 63 aa  63.2  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2089  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 62 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0729886  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0198  50S ribosomal protein L28  55.77 
 
 		 64 aa  62  0.000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000840181  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0627  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 63 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00471545  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2199  ribosomal protein L28  47.54 
 
 		 62 aa  60.1  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000434288  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2306  ribosomal protein L28  45.76 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000277359  hitchhiker  0.00207431 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1599  ribosomal protein L28  47.46 
 
 		 63 aa  57.8  0.00000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.118931  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11200  LSU ribosomal protein L28P  45.76 
 
 		 63 aa  57.4  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00741345  normal  0.589072 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1163  50S ribosomal protein L28  48.28 
 
 		 63 aa  57.4  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.360169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1744  50S ribosomal protein L28  48.33 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000205787  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2281  ribosomal protein L28  47.46 
 
 		 63 aa  57  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.921868  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1343  LSU ribosomal protein L28P  43.86 
 
 		 63 aa  57  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.754318  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3839  50S ribosomal protein L28  47.37 
 
 		 63 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.14599e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3704  ribosomal protein L28  47.27 
 
 		 62 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2234  50S ribosomal protein L28  47.37 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000532075  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2323  50S ribosomal protein L28  46.55 
 
 		 63 aa  55.5  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.28928e-19  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1676  ribosomal protein L28  45.76 
 
 		 63 aa  55.8  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000538501  hitchhiker  0.00422618 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1329  ribosomal protein L28  46.55 
 
 		 63 aa  55.5  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1289  50S ribosomal protein L28  49.12 
 
 		 63 aa  55.5  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.61707e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8002  LSU ribosomal protein L28P  45.61 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.317284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8027  50S ribosomal protein L28  42.37 
 
 		 65 aa  54.3  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2056  50S ribosomal protein L28  44.64 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000851837  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1833  ribosomal protein L28  44.07 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000322971  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1027  50S ribosomal protein L28  49.18 
 
 		 70 aa  54.3  0.0000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.807018  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3608  50S ribosomal protein L28  47.37 
 
 		 62 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0206  ribosomal protein L28  47.37 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1705  50S ribosomal protein L28  46.55 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2397  50S ribosomal protein L28  43.86 
 
 		 63 aa  52.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222806  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1367  50S ribosomal protein L28  42.37 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.23268  normal  0.35924 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0201  50S ribosomal protein L28  52 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3158  50S ribosomal protein L28  42.11 
 
 		 63 aa  51.6  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000034404  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1088  50S ribosomal protein L28  40 
 
 		 64 aa  52  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0368802  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0165  50S ribosomal protein L28  45.45 
 
 		 62 aa  51.2  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  0.0994287 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1987  50S ribosomal protein L28  44.83 
 
 		 63 aa  51.6  0.000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl227  50S ribosomal protein L28  46.67 
 
 		 66 aa  51.2  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.0331921  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0315  ribosomal protein L28  40 
 
 		 64 aa  50.8  0.000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0997058 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0290  ribosomal protein L28  42.11 
 
 		 87 aa  50.8  0.000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1054  50S ribosomal protein L28  40.35 
 
 		 63 aa  50.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000960448 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3209  50S ribosomal protein L28  40.35 
 
 		 63 aa  50.8  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000252463  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0071  ribosomal protein L28  44.07 
 
 		 63 aa  50.8  0.000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10080  ribosomal protein L28  49.06 
 
 		 76 aa  50.4  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.81205e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1024  ribosomal protein L28  47.54 
 
 		 73 aa  50.4  0.000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3287  50S ribosomal protein L28P  44.07 
 
 		 61 aa  50.4  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0886721  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0863  ribosomal protein L28  43.86 
 
 		 62 aa  50.1  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  normal  0.761868 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0821  ribosomal protein L28  45.45 
 
 		 63 aa  49.3  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0645  50S ribosomal protein L28  45.61 
 
 		 62 aa  48.5  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0488  50S ribosomal protein L28  49.06 
 
 		 65 aa  48.5  0.00003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0521885  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1279  50S ribosomal protein L28  41.67 
 
 		 62 aa  48.9  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0423459  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1410  ribosomal protein L28  43.86 
 
 		 65 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0670  ribosomal protein L28  43.86 
 
 		 62 aa  48.5  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000000425645  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2786  50S ribosomal protein L28  44.07 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408357  normal  0.0710246 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2515  50S ribosomal protein L28  47.46 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00246839 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2893  ribosomal protein L28  40.62 
 
 		 65 aa  48.1  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123901  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4672  ribosomal protein L28  37.31 
 
 		 73 aa  47.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1131  50S ribosomal protein L28  43.86 
 
 		 62 aa  47.8  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.15026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2282  50S ribosomal protein L28  44.07 
 
 		 64 aa  47.4  0.00006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000117846  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0693  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 70 aa  47.4  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000218766  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3659  ribosomal protein L28  43.86 
 
 		 87 aa  47.4  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0072  ribosomal protein L28  37.04 
 
 		 64 aa  47.4  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0514573  hitchhiker  0.000000000000135012 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0669  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 86 aa  47  0.00009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000239992  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09970  LSU ribosomal protein L28P  38.6 
 
 		 62 aa  46.6  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000786411  hitchhiker  0.00000165787 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1508  50S ribosomal protein L28  44.07 
 
 		 63 aa  46.6  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1582  50S ribosomal protein L28  43.33 
 
 		 62 aa  46.6  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.169175  normal  0.0677157 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3439  ribosomal protein L28  38.6 
 
 		 64 aa  46.2  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf005  ribosomal protein L28  46.81 
 
 		 65 aa  44.7  0.0005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1602  50S ribosomal protein L28  44.44 
 
 		 62 aa  44.3  0.0006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1345  50S ribosomal protein L28  41.07 
 
 		 63 aa  44.3  0.0006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.222058  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2750  50S ribosomal protein L28  42.59 
 
 		 97 aa  43.9  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0971  50S ribosomal protein L28  39.29 
 
 		 63 aa  43.9  0.0007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.560189  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1608  ribosomal protein L28  41.07 
 
 		 62 aa  43.9  0.0008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0160  50S ribosomal protein L28  43.4 
 
 		 78 aa  43.5  0.0009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.233197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0062  50S ribosomal protein L28  43.4 
 
 		 78 aa  43.5  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140905  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0056  50S ribosomal protein L28  43.4 
 
 		 78 aa  43.5  0.0009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000196759  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>