229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0004 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0004  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.250766  normal  0.359385 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0013  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.011671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0078  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00739535  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0075  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0053  tRNA-Met  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0056  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0059  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0031  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0052  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.328618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0019  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0052  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.443748 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0009  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.690958  normal  0.0734418 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0044  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0054  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0039  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.744114  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0037  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA8  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0040  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000293761  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0111  tRNA-Phe  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0238914  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0036  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0059  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.383057  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0053  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.744233  normal  0.828825 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0059  tRNA-Phe  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.851819 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0047  tRNA-Phe  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  86.96 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0406321  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0037  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.45674  normal  0.44338 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4303  tRNA-Met  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0016  tRNA-Phe  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0031  tRNA-Met  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000893845  normal  0.390946 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0067  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000184949  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0053  tRNA-Phe  88.52 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0047  tRNA-Met  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.501158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0061  tRNA-Met  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.714727 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0032  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.62211  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0002  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.113905  normal  0.0311274 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0006    86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0548782  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0021  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00150541  normal  0.24479 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0056  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.155736 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0067  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.687392  normal  0.586478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0071  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0756979 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0006  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0011  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.443176  normal  0.507141 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0017  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.112285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0051  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.271355  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0059  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.119328  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0145  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1399  tRNA-Phe  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.756645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0050  tRNA-Phe  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0051  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0676526  normal  0.132155 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0066  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0346272  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0007  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0572306 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0022  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.688613  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0069  tRNA-Phe  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0178252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0046  tRNA-Phe  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.394073  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0045  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0015  tRNA-Phe  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.689116  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0042  tRNA-Phe  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0171  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0005  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.325097  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0006  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.201329  normal  0.451472 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0046  tRNA-Phe  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.300916  normal  0.216721 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0091  tRNA-Phe  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000501054  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0051  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0056  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.239639  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0029  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0019  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0062  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0057  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0072  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0034  tRNA-Phe  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0075  tRNA-Phe  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0019  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.191649  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0073  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.596138  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0034  tRNA-Ile  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.209453  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0046  tRNA-Phe  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5677  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000587579  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4771  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000230747  hitchhiker  6.54659e-16 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0172101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000144238  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Phe-1  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000285644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0226  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-3  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.126553  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Phe-4  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000662061  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0001  tRNA-Phe  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0107  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00870398  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0792  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.67263e-33 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4564  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000213721  normal  0.0844517 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0004  tRNA-Phe  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000467453  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0002  tRNA-Phe  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0606  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000109662  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4989  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0125  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00709498  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0129  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.396615  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0111  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00210524  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0080  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000066232  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0531  tRNA-Phe  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37377e-30 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>