299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_R0047 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0079  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520494  normal  0.417103 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0089  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4330  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0013  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00398337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0013  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0012  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0043  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0640693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0080  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755627  normal  0.408373 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0001  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0088  tRNA-Ala  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0022  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0994  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0502689  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0016  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000104891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA1  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.586426 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0004    90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.887473 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0029  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0010  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.100058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0005  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0004  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0002  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.778996  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0002  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381422  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0056  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0025  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.114499  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0004  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0002  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0039  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.575536  normal  0.4318 
 
 
-
 
NC_006368  lppt28  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt28  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2246  tRNA-Ala  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2332  tRNA-Ala  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0355369  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0025  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0063  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1456  tRNA-Ala  92.19 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00170878  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1790  tRNA-Ala  92.19 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0022  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAla03  tRNA-Ala  94.34 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna17  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0025  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.678312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0011    88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA3  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0001  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.272552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0039  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0002  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0019  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0012  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0038  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000224976  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0035  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0036  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna15  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.888051  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0044  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0012  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.453962  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0013  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.298294  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0049  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0254858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0044  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0023  tRNA-Ala  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0933742 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0026  tRNA-Ala  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.635837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0036  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000174487 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0055  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0229189  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0028  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000126032  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0010  tRNA-Ala  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0023  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0062  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0081  tRNA-Ala  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.659865  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3137t  tRNA-Ala  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00236079  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0027  tRNA-Ala  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.392789  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00040  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000022346  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  88.71 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS04531  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000151858  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2834  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.0000118902  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t070  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t072  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5048  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000423557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4680  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000267016  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R32  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1997  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1301  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00804048  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4222  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.27944e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1300  hypothetical protein  87.14 
 
 		 147 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00987773  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0060  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00115408  normal  0.0927099 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0076  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5047  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000162268  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4679  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000870415  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0075  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000128408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2546  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0594848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4221  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  2.30182e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0059  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00107174  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0060  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000591053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0062  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000152195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0087  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00553547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0089  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0027987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0091  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000134168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0093  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0098  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000110088  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>